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- PDB-1g8x: STRUCTURE OF A GENETICALLY ENGINEERED MOLECULAR MOTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g8x
タイトルSTRUCTURE OF A GENETICALLY ENGINEERED MOLECULAR MOTOR
要素MYOSIN II HEAVY CHAIN FUSED TO ALPHA-ACTININ 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / myosin / motor / alpha-actinin / dictyostelium / lever arm / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOBTB2 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / contractile vacuole / COPI-mediated anterograde transport / Platelet degranulation / sorocarp development / calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction ...RHOBTB2 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / contractile vacuole / COPI-mediated anterograde transport / Platelet degranulation / sorocarp development / calcium-dependent ATPase activity / pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / macropinocytic cup / Neutrophil degranulation / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / RHO GTPases activate PAKs / adenyl nucleotide binding / actomyosin contractile ring / hypotonic response / uropod / actin-myosin filament sliding / actin crosslink formation / detection of mechanical stimulus / negative regulation of actin filament polymerization / apical cortex / bleb assembly / actomyosin / substrate-dependent cell migration, cell extension / myosin filament / filopodium assembly / early phagosome / hyperosmotic response / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton organization / microfilament motor activity / cortical actin cytoskeleton / cell leading edge / pseudopodium / cytoskeletal motor activity / cleavage furrow / actin filament bundle assembly / mitotic cytokinesis / response to mechanical stimulus / phagocytosis / phagocytic vesicle / 14-3-3 protein binding / response to cAMP / cellular response to starvation / extracellular matrix / cell projection / cell motility / actin filament / response to hydrogen peroxide / structural constituent of cytoskeleton / chemotaxis / actin filament binding / protein localization / cell junction / regulation of cell shape / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Kinesin motor domain / Kinesin ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #820 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Kinesin motor domain / Kinesin / Myosin tail / Myosin tail / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Myosin N-terminal SH3-like domain / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Alpha-actinin A / Myosin-2 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kliche, W. / Fujita-Becker, S. / Kollmar, M. / Manstein, D.J. / Kull, F.J.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Structure of a genetically engineered molecular motor.
著者: Kliche, W. / Fujita-Becker, S. / Kollmar, M. / Manstein, D.J. / Kull, F.J.
履歴
登録2000年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN II HEAVY CHAIN FUSED TO ALPHA-ACTININ 3
B: MYOSIN II HEAVY CHAIN FUSED TO ALPHA-ACTININ 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,3216
ポリマ－230,4182
非ポリマー9034
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.423, 155.420, 143.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 MYOSIN II HEAVY CHAIN FUSED TO ALPHA-ACTININ 3


分子量: 115208.867 Da / 分子数: 2
断片: MYOSIN II HEAVY CHAIN, MOTOR DOMAIN RESIDUES 1-761, AND ALPHA-ACTININ 3, REPEATS 1 AND 2 RESIDUES 765-1002
変異: ARG238GLU / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
プラスミド: PDH12
発現宿主: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
株 (発現宿主): AX3-ORF+ / 参照: UniProt: P08799, UniProt: P05095
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 12% PEGM 5000; 170 mM NaCl; 50 mM HEPES (NaOH) pH 7.2; 5 mM MgCl2; 5 mM DTT; 0.5 mM EGTA; and 2% 2-methyl-1,3-propanediol, at 280 K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 7 ℃ / pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
230 mMHEPES-NaOH1drop
30.5 mMEDTA1drop
42 mMdithiothreitol1drop
51 mMbenzamidine1drop
61 mM1dropMgCl2
73 %sucrose1drop
812 %mPEG50001reservoir
9170 mM1reservoirNaCl
1050 mMHEPES-NaOH1reservoir
115 mM1reservoirMgCl2
125 mMdithiothreitol1reservoir
130.5 mMEGTA1reservoir
142 %2-methyl-1,3-propanediol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 52.3 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 73355 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 3.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→41.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 304957.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 5989 8.2 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 73283 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.13 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.56 Å20 Å20 Å2
2---7.69 Å20 Å2
3---19.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16222 0 56 14 16292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.572.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 962 8 %
Rwork0.328 11122 -
obs--97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PA
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4TOP
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARA
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8.2 % / Rfactor Rfree: 0.29
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 52.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.379 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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