+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g7c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | YEAST EEF1A:EEF1BA IN COMPLEX WITH GDPNP | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSLATION / protein-protein complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / negative regulation of actin filament bundle assembly / HSF1 activation / melatonin binding / regulation of translational termination / tRNA export from nucleus / sulfur compound metabolic process / Protein methylation / fungal-type vacuole membrane ...Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / negative regulation of actin filament bundle assembly / HSF1 activation / melatonin binding / regulation of translational termination / tRNA export from nucleus / sulfur compound metabolic process / Protein methylation / fungal-type vacuole membrane / translational elongation / actin filament bundle assembly / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / cellular response to amino acid starvation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of protein phosphorylation / maintenance of translational fidelity / negative regulation of protein kinase activity / GDP binding / actin filament binding / ribosome binding / cytoskeleton / ribosome / translation / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / mitochondrion / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Andersen, G.R. / Valente, L. / Pedersen, L. / Kinzy, T.G. / Nyborg, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of nucleotide exchange intermediates in the eEF1A-eEF1Balpha complex. 著者: Andersen, G.R. / Valente, L. / Pedersen, L. / Kinzy, T.G. / Nyborg, J. #1: ![]() タイトル: Structural Basis for Nucleotide Exchange and Competition with tRNA in the Yeast Elongation Factor Complex eEF1A:eEF1Ba 著者: Andersen, G.R. / Pedersen, L. / Valente, L. / Kinzy, T.G. / Nyborg, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 94.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 773.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 783.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50110.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 10472.829 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: TKY331 / 遺伝子: TEF5 / プラスミド: PET11D / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-5GP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: mmE 2K, Tris, Hepes, KCl, DTT, GDPNP, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 詳細: Pedersen, L.P., (2000) Acta Crystallogr., D57, 159. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 34086 / Num. obs: 33704 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 10.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 93 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1f60 解像度: 2.05→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: engh & huber
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.208 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21.6 Å2 | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|