PDB-1g6s: STRUCTURE OF EPSP SYNTHASE LIGANDED WITH SHIKIMATE-3-PHOSPHATE AN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g6s

タイトル

STRUCTURE OF EPSP SYNTHASE LIGANDED WITH SHIKIMATE-3-PHOSPHATE AND GLYPHOSATE

要素

EPSP SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / two-domain structure / inside-out alpha-beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Schonbrunn, E. / Eschenburg, S. / Shuttleworth, W. / Schloss, J.V. / Amrhein, N. / Evans, J.N.S. / Kabsch, W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Interaction of the herbicide glyphosate with its target enzyme 5-enolpyruvylshikimate 3-phosphate synthase in atomic detail.
著者: Schonbrunn, E. / Eschenburg, S. / Shuttleworth, W.A. / Schloss, J.V. / Amrhein, N. / Evans, J.N. / Kabsch, W.

履歴

登録	2000年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g6s.cif.gz	109.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g6s.ent.gz	82.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1g6s_validation.pdf.gz	826.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1g6s_full_validation.pdf.gz	827 KB	表示
XML形式データ	1g6s_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	1g6s_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g6s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g6tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2aa9-d 1g6t-d 3fk1-d 5sy4-d 6ljh-d 2aay-d 5vm2-1 6kih-8 3nvs-d 6sbj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (11)

登録構造単位

A: EPSP SYNTHASE

ヘテロ分子

47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.773, 85.241, 88.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EPSP SYNTHASE / 3-PHOSPHOSHIKIMATE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE 分子量: 46141.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: AROA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6D3, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-S3P / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / シキミ酸3-りん酸分子量: 254.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁O₈P
#3: 化合物	ChemComp-GPJ / GLYPHOSATE / (カルボキシラトメチル)アミニオメチルホスホン酸ジアニオン分子量: 170.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO₅P
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	1 M	sodium formate	1	reservoir
2	25 mM	sodium potassium phosphate	1	reservoir	pH7.
3	5 mM	S3P	1	drop
4	5 mM	glyphosate	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月2日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 67479 / Num. obs: 67479 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 5803 / % possible all: 89.2
反射	PLUS Num. measured all*: 201724
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 89.2 % / Num. unique obs: 6509 / Num. measured obs*: 15899

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
XDS	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→20 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2789644.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.171	1978	2.9 %	RANDOM
R_work	0.149	-	-	-
obs	0.149	67452	95.8 %	-
all	-	301724	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 48.95 Å² / k_sol: 0.394 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.15 Å	0.12 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.07 Å	0.03 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3292	0	26	629	3947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.8
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.23
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.59 Å / R_factor R_free error: 0.012 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	293	2.8 %
R_work	0.166	10113	-
obs	-	-	89.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	S3P+GPH+FOR.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	S3P+GPH+FOR.PAR	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	5	CIS_PEPTIDE.PAR

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 2.9 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 13.7 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.8
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	24.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.23

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.199 / % reflection R_free: 2.8 % / R_factor R_work: 0.166

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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