+
データを開く
-
基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g65 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal structure of epoxomicin:20s proteasome reveals a molecular basis for selectivity of alpha,beta-epoxyketone proteasome inhibitors | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / proteasome / epoxomicin / ubiquitin / ntn-hydolase / protease / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Groll, M. / Kim, K.B. / Kairies, N. / Huber, R. / Crews, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000 タイトル: Crystal Structure of Epoxomicin:20S Proteasome reveals a molecular basis for selectivity of alpha,beta-Epoxyketone Proteasome Inhibitors 著者: Groll, M. / Kim, K.B. / Kairies, N. / Crews, C. | |||||||||
| 履歴 |
|
-
構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 1g65.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb1g65.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 1g65.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 1g65_validation.pdf.gz | 580.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 1g65_full_validation.pdf.gz | 754.8 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 1g65_validation.xml.gz | 137.2 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 1g65_validation.cif.gz | 223 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g65 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 1rypS S: 精密化の開始モデル |
|---|---|
| 類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
| 登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| 単位格子 |
| ||||||||
| 詳細 | one 20S proteasome per asymmetric unit |
-
要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
| #1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 細胞内の位置: CYTOPLASM / 株: SC288 / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
|---|
-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 34
| #15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 542.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: The natural product epoxomicin was isolated from an Actinomycetes strain |
|---|
-非ポリマー , 2種, 2882分子 


| #16: 化合物 | ChemComp-MG / #17: 水 | ChemComp-HOH / | |
|---|
-詳細
| Has protein modification | Y |
|---|---|
| 非ポリマーの詳細 | THE STARTING EPOXIDE RING OF EPOXOMICIN (CHAINS 3 AND 4) UNDERGOES RE-CYCLIZATION REACTION WITH THE ...THE STARTING EPOXIDE RING OF EPOXOMICIN |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
|---|
-
試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M Mes, pH 6.8 11% MPD 25mM MgAc2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 結晶化 | *PLUS 温度: 24 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 90 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1 Å |
| 検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月19日 |
| 放射 | モノクロメーター: Silicium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 1336712 / Num. obs: 427960 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 8.3 |
| 反射 シェル | 解像度: 2.25→2.34 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / % possible all: 91.1 |
| 反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 1336712 |
| 反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.35 Å |
-
解析
| ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: wt yeast 20S proteasome (1RYP) 解像度: 2.25→20 Å / σ(F): 3 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
| ||||||||||||||||||||
| 拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
| ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
| 精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.283 | ||||||||||||||||||||
| 溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
| 拘束条件 | *PLUS
|
ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
引用






















PDBj















