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- PDB-1g3p: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAINS OF BACTERIOPHAGE MINO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g3p
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAINS OF BACTERIOPHAGE MINOR COAT PROTEIN G3P
要素MINOR COAT PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / MINOR COAT PROTEIN / FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE / PHAGE DISPLAY / SELECTIVELY INFECTIVE PHAGES
機能・相同性
機能・相同性情報


viral extrusion / virion attachment to host cell pilus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell membrane / viral capsid / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane
類似検索 - 分子機能
Minor Coat Protein; domain 2 / Minor Coat Protein; Domain 2 / Phage FD Coat Protein, Membrane penetration domain / Phage FD Coat Protein,Membrane penetration domain / Bacteriophage, G3P, N2-domain superfamily / Attachment protein G3P, N-terminal / Attachment protein G3P, N-terminal domain superfamily / Phage Coat Protein A / Roll / Alpha-Beta Complex ...Minor Coat Protein; domain 2 / Minor Coat Protein; Domain 2 / Phage FD Coat Protein, Membrane penetration domain / Phage FD Coat Protein,Membrane penetration domain / Bacteriophage, G3P, N2-domain superfamily / Attachment protein G3P, N-terminal / Attachment protein G3P, N-terminal domain superfamily / Phage Coat Protein A / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Attachment protein G3P
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage M13 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / SIRAS (USING MAD X-RAY DATA) / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Hennecke, F. / Pluckthun, A. / Wlodawer, A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The structural basis of phage display elucidated by the crystal structure of the N-terminal domains of g3p.
著者: Lubkowski, J. / Hennecke, F. / Pluckthun, A. / Wlodawer, A.
#1: ジャーナル: Nat.Med. (N.Y.) / 年: 1997
タイトル: Selectively Infective Phage (Sip) Technology: A Novel Method for in Vivo Selection of Interacting Protein-Ligand Pairs
著者: Spada, S. / Pluckthun, A.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: The C-Terminal Domain of Tola is the Coreceptor for Filamentous Phage Infection of E. Coli
著者: Riechmann, L. / Holliger, P.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: A Conserved Infection Pathway for Filamentous Bacteriophages is Suggested by the Structure of the Membrane Penetration Domain of the Minor Coat Protein G3P from Phage Fd
著者: Holliger, P. / Riechmann, L.
履歴
登録1997年12月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MINOR COAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7232
ポリマ－23,6261
非ポリマー961
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.681, 48.681, 153.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21A-302-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MINOR COAT PROTEIN / G3P


分子量: 23626.484 Da / 分子数: 1 / 断片: TWO N-TERMINAL DOMAINS, N1 AND N2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage M13 (ファージ)
属: Inovirus / 株: M13MP18 / 細胞株: BL21 (DE3) FOR / 遺伝子: 3 / プラスミド: BL21
細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3), FOR SELENOMETHIONINE-VARIANT DL41 (DE3)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69168
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MINOR COAT PROTEIN FROM GENE 3 OF FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE M13. THE PHAGE COAT PROTEIN (G3P) ...MINOR COAT PROTEIN FROM GENE 3 OF FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE M13. THE PHAGE COAT PROTEIN (G3P) CONSISTS OF THREE DOMAINS. STARTING AT THE N-TERMINUS, THE N1 DOMAIN (67 AMINO ACIDS), THE N2 DOMAIN (131 AMINO ACIDS), AND CT DOMAIN (150 AMINO ACIDS), ARE CONNECTED BY GLYCINE-RICH LINKERS, WHICH CONSIST OF 19 (G1) AND 39 (G2) AMINO ACIDS, RESPECTIVELY. COORDINATES DEPOSITED HERE DESCRIBE ONLY THE TWO DOMAINS (N1 AND N2) OF G3P. THE STRUCTURE OF THE G1 LINKER WAS NOT DETERMINED.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細TRO 21 IS THE OXIDIZED TRP. TRO CARRIES MOST LIKELY AN OXINDOLE SIDE CHAIN (1,3-DIHYDRO-INDOLE-2- ...TRO 21 IS THE OXIDIZED TRP. TRO CARRIES MOST LIKELY AN OXINDOLE SIDE CHAIN (1,3-DIHYDRO-INDOLE-2-ONE). THE OXYGEN ATOM IS BOUND (LIKELY VIA A DOUBLE BOND) TO THE CD1 CARBON. ADDITIONAL EVIDENCE IS PROVIDED BY THE NONPLANARITY OF HYBRIDIZATION OF THE CG CARBON.
配列の詳細THE SEQUENCE DIFFERENCES ARE NATURALLY OCCURRING VARIATIONS WHICH DO NOT AFFECT THE FUNCTIONALITY ...THE SEQUENCE DIFFERENCES ARE NATURALLY OCCURRING VARIATIONS WHICH DO NOT AFFECT THE FUNCTIONALITY OF THIS PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: EQUAL VOLUMES OF THE PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) BUFFERED WITH 50 MM PIPES PH 6.5 AND THE PRECIPITANT (30% PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 2 MM DTT) WERE MIXED AND EQUILIBRATED (IN THE ...詳細: EQUAL VOLUMES OF THE PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) BUFFERED WITH 50 MM PIPES PH 6.5 AND THE PRECIPITANT (30% PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 2 MM DTT) WERE MIXED AND EQUILIBRATED (IN THE HANGING DROP SETUP) AGAINST THE PRECIPITANT., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlN1-N211
20.2 Mammonium sulfate12
330 %(w/v)PEG400012
42 mMDTT12
550 mMPIPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→22 Å / Num. obs: 37511 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.53 % / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.46→1.51 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Rsym value: 0.11 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 282603 / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX-97モデル構築
SHELX-97精密化
DENZOデータ削減
SHELX-97位相決定
精密化構造決定の手法: SIRAS (USING MAD X-RAY DATA) / 解像度: 1.46→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0037 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: SEVEN RESIDUES WERE REFINED IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS EACH.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3785 10.2 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 36895 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 20 312 2222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.584
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.01
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.265
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.341.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.072.5
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 449 11.5 %
Rwork0.221 3906 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.019
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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