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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g3i | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HSLUV PROTEASE-CHAPERONE COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE/HYDROLASE / CHAPERONE-HYDROLASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HslU-HslV peptidase / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / proteasome core complex / protein unfolding / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...HslU-HslV peptidase / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / proteasome core complex / protein unfolding / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.41 Å | ||||||
データ登録者 | Sousa, M.C. / Trame, C.B. / Tsuruta, H. / Wilbanks, S.M. / Reddy, V.S. / McKay, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000 タイトル: Crystal and solution structures of an HslUV protease-chaperone complex. 著者: Sousa, M.C. / Trame, C.B. / Tsuruta, H. / Wilbanks, S.M. / Reddy, V.S. / McKay, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g3i.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g3i.ent.gz | 910.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/1g3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/1g3i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the complex HslU12-HslV12 seen in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49441.504 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43773 #2: タンパク質 | 分子量: 18903.549 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43772, EC: 3.4.99.- #3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG monomethyl ether 2000, potassium Chloride, magnesium acetate, citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→30 Å / Num. all: 134912 / Num. obs: 134912 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 80.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.4 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 297864 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.4 Å / % possible obs: 80.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: H. influenzae HslU at 2.3A H. influenzae HslV at 1.9A 解像度: 3.41→30.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 9712778.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.96 Å2 / ksol: 0.238 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 102.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.41→30.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.24 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 102.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.367 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.344 |