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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g2p | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / dimer / catalytic loop | ||||||
機能・相同性 | ![]() Purine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / AMP binding / Neutrophil degranulation / nucleus ...Purine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / AMP binding / Neutrophil degranulation / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, W. / Tanaka, K.S.E. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of adenine phosphoribosyltransferase from Saccharomyces cerevisiae. 著者: Shi, W. / Tanaka, K.S. / Crother, T.R. / Taylor, M.W. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assemble is generated by the two fold screw axis, -x, -y+1/2, z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20616.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PQE / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: lithium sulfate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 26348 / Num. obs: 26348 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 29.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1134 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 82.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 103449 / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1QB8 解像度: 1.75→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1.4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Flat model / Bsol: 49.4464 Å2 / ksol: 0.370397 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor all: 0.21 / Rfactor obs: 0.208 / Rfactor Rfree: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.329 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.3 |