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- PDB-1g2c: HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS FUSION PROTEIN CORE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g2c
タイトルHUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS FUSION PROTEIN CORE
要素(FUSION PROTEIN (F)) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / membrane fusion / pneumovirus / HRSV
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhao, X. / Singh, M. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Structural characterization of the human respiratory syncytial virus fusion protein core.
著者: Zhao, X. / Singh, M. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S.
履歴
登録2000年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUSION PROTEIN (F)
B: FUSION PROTEIN (F)
C: FUSION PROTEIN (F)
D: FUSION PROTEIN (F)
E: FUSION PROTEIN (F)
F: FUSION PROTEIN (F)
G: FUSION PROTEIN (F)
H: FUSION PROTEIN (F)
I: FUSION PROTEIN (F)
J: FUSION PROTEIN (F)
K: FUSION PROTEIN (F)
L: FUSION PROTEIN (F)
M: FUSION PROTEIN (F)
N: FUSION PROTEIN (F)
O: FUSION PROTEIN (F)
P: FUSION PROTEIN (F)
Q: FUSION PROTEIN (F)
R: FUSION PROTEIN (F)
S: FUSION PROTEIN (F)
T: FUSION PROTEIN (F)
U: FUSION PROTEIN (F)
V: FUSION PROTEIN (F)
W: FUSION PROTEIN (F)
X: FUSION PROTEIN (F)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,32424
ポリマ－126,32424
非ポリマー00
水15,997888
1
A: FUSION PROTEIN (F)
B: FUSION PROTEIN (F)
C: FUSION PROTEIN (F)
D: FUSION PROTEIN (F)
E: FUSION PROTEIN (F)
F: FUSION PROTEIN (F)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5816
ポリマ－31,5816
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13680 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
2
G: FUSION PROTEIN (F)
H: FUSION PROTEIN (F)
I: FUSION PROTEIN (F)
J: FUSION PROTEIN (F)
K: FUSION PROTEIN (F)
L: FUSION PROTEIN (F)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5816
ポリマ－31,5816
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
3
M: FUSION PROTEIN (F)
N: FUSION PROTEIN (F)
O: FUSION PROTEIN (F)
P: FUSION PROTEIN (F)
Q: FUSION PROTEIN (F)
R: FUSION PROTEIN (F)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5816
ポリマ－31,5816
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13860 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
4
S: FUSION PROTEIN (F)
T: FUSION PROTEIN (F)
U: FUSION PROTEIN (F)
V: FUSION PROTEIN (F)
W: FUSION PROTEIN (F)
X: FUSION PROTEIN (F)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5816
ポリマ－31,5816
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14270 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area11590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.904, 71.539, 76.455
Angle α, β, γ (deg.)81.34, 73.80, 60.72
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a trimer of heterodimer constructed from chain A, B, C,D,E,F

-
要素

#1: タンパク質
FUSION PROTEIN (F) / CELL FUSION GLYCOPROTEIN


分子量: 5653.654 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 153-209, HRSV F1 HEPTAD REPEAT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FIRST HEPTAD REPEAT
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
属: Pneumovirus / 株: RSS-2 / 遺伝子: HRSV F / プラスミド: PQE9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P11209
#2: タンパク質・ペプチド
FUSION PROTEIN (F) / CELL FUSION GLYCOPROTEIN


分子量: 4873.347 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 476-520, HRSV F1 HEPTAD REPEAT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SECOND HEPTAD REPEAT
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
属: Pneumovirus / 株: RSS-2 / 遺伝子: HRSV F / プラスミド: PQE9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P11209
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Tris-HCl, Li2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
224-26 %PEG40001reservoir
3200 mMTris-HCl1reservoir
4300 mM1reservoirLi2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9816 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9816 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. all: 62470 / Num. obs: 56973 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.3 % / Biso Wilson estimate: 40.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Num. unique all: 6224 / % possible all: 64.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 119905
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: modified polyser SV5

解像度: 2.3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1137175.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 5085 10.2 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 50096 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.95 Å2 / ksol: 0.283 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å2-4.32 Å2-5.3 Å2
2--2.37 Å24.03 Å2
3----3.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8054 0 0 888 8942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 824 10.1 %
Rwork0.292 7310 -
obs--92.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PA&_1_TOP_1
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARA&_1_TOP_2
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM&_1_TOP_3
X-RAY DIFFRACTION4&_1_TOP_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_TOP_5
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 54.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.352 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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