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万見
- PDB-1g28: STRUCTURE OF A FLAVIN-BINDING DOMAIN, LOV2, FROM THE CHIMERIC PHY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g28
タイトルSTRUCTURE OF A FLAVIN-BINDING DOMAIN, LOV2, FROM THE CHIMERIC PHYTOCHROME/PHOTOTROPIN PHOTORECEPTOR PHY3
要素PHY3 PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / ELECTRON TRANSPORT / phototropin / LOV / PAS fold / photoreceptor / flavoprotein / FMN-binding domain / alpha-beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / detection of visible light / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Adiantum capillus-veneris (ホウライシダ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Crosson, S. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structure of a flavin-binding plant photoreceptor domain: insights into light-mediated signal transduction
著者: Crosson, S. / Moffat, K.
履歴
登録2000年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHY3 PROTEIN
B: PHY3 PROTEIN
C: PHY3 PROTEIN
D: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5528
ポリマ－48,7274
非ポリマー1,8254
水91951
1
A: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6382
ポリマ－12,1821
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6382
ポリマ－12,1821
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6382
ポリマ－12,1821
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6382
ポリマ－12,1821
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.890, 54.078, 70.619
Angle α, β, γ (deg.)93.32, 94.01, 90.06
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
PHY3 PROTEIN


分子量: 12181.764 Da / 分子数: 4
断片: FMN-BINDING DOMAIN OF CHIMERIC PHYTOCHROME/PHOTOTROPIN PHOTORECEPTOR, LOV3
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adiantum capillus-veneris (ホウライシダ)
遺伝子: PHY3 / プラスミド: PCAL-NEK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ZWQ6
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 5000 MME, Tris, glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMTris-HCl1reservoir
224 %(w/v)mPEG50001reservoir
312 %(v/v)glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Cu-K-alpha / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→35.16 Å / Num. all: 17568 / Num. obs: 16249 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.73→2.9 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / % possible all: 86.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.73→35.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 368490.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1179 7.3 %SHELLS
Rwork0.247 ---
all0.251 17568 --
obs0.247 16249 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.79 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.96 Å216.18 Å2-0.06 Å2
2---1.36 Å25.16 Å2
3----5.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.92 Å0.93 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→35.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 124 51 3451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.73→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 176 7 %
Rwork0.425 2344 -
obs--86 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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