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万見
- PDB-1g1n: NICKED DECAMER DNA WITH PEG6 TETHER, NMR, 30 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g1n
タイトルNICKED DECAMER DNA WITH PEG6 TETHER, NMR, 30 STRUCTURES
要素
  • 5'-D(*GP*TP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(P*GP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(P*GP*CP*GP*TP*T)-3'
キーワードDNA / Nicked duplex DNA / PEG6 tether
機能・相同性PHOSPHORYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Simulated Annealing, Restrained Molecular Dynamics, Iterative Relaxation Matrix Analysis
データ登録者Bocian, W. / Kozerski, L. / Mazurek, A.P. / Kawecki, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2001
タイトル: A nicked duplex decamer DNA with a PEG(6) tether.
著者: Kozerski, L. / Mazurek, A.P. / Kawecki, R. / Bocian, W. / Krajewski, P. / Bednarek, E. / Sitkowski, J. / Williamson, M.P. / Moir, A.J. / Hansen, P.E.
履歴
登録2000年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(P*GP*CP*GP*TP*T)-3'
B: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-D(P*GP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7715
ポリマ－6,0463
非ポリマー7252
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 350structures with the lowest energy
代表モデルモデル #6

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*GP*CP*GP*TP*T)-3'


分子量: 1511.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*CP*GP*C)-3'


分子量: 1496.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 3039.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-PE6 / PHOSPHORYL-HEXAETHYLENE GLYCOL


分子量: 362.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27O10P

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
232E-COSY
242HSQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and heteronuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM DNA; Phosphate buffer (38 mM NaCl, 38 mM K3PO4)90% H2O/10% D2O
21.5 mM DNA; Phosphate buffer (38 mM NaCl, 38 mM K3PO4)100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1152 mM of monovalent cations 7.0 ambient 283 K
2152 mM of monovalent cations 7.0 ambient 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Discover98MSI INSIGHT II package精密化
IRMA98MSI INSIGHT II packageiterative matrix relaxation
Felix98MSI INSIGHT II package解析
VNMR6.1BVarian解析
精密化手法: Simulated Annealing, Restrained Molecular Dynamics, Iterative Relaxation Matrix Analysis
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 514 restraints, 285 are NOE-derived distance constraints, 175 dihedral angle restraints, 54 distance restraints from hydrogen bonds. The NOE-derived ...詳細: The structures are based on a total of 514 restraints, 285 are NOE-derived distance constraints, 175 dihedral angle restraints, 54 distance restraints from hydrogen bonds. The NOE-derived distance constraints were derived from 2D-NOESY spectra (mix. times 50, 75, 100 and 150 ms), using the Iterative Relaxation Matrix Analysis procedure. The final structures were derived by averaging coordinates of 100 structures obtained from IRMA cycles and subsequent 350 ps trajectory of restrained molecular dynamics and energy minimisation. R factor value: 0.41 +/- 0.01; R(1/6) value: 0.0045 +/- 0.0001; RMSD value: 1.22 +/- 0.51; The R and R(1/6) - factors are defined: R = SUM{|I(OBS) - I(CALC)|} / SUM{|I(OBS)|} R(1/6)=SQR(SUM{|I(OBS)^(1/6) - I(CALC)^(1/6)|}^2) / SUM{I(OBS)^(1/6)} Where I(OBS) and I(CALC) are the observed and the calculated NOE intensites.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 350 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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