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- PDB-1g00: ALTERNATION OF DNA AND SOLVENT LAYERS IN THE A FORM OF D(GGCGCC) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g00
タイトルALTERNATION OF DNA AND SOLVENT LAYERS IN THE A FORM OF D(GGCGCC) OBTAINED BY ETHANOL CRYSTALLIZATION
要素5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
キーワードDNA / DOUBLE HELIX / A-DNA / DNA LAYERS
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Urpi, L. / Navaza, J. / Subirana, J.A.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2000
タイトル: Alternation of DNA and solvent layers in the A form of d(GGCGCC) obtained by ethanol crystallization.
著者: Urpi, L. / Navaza, J. / Subirana, J.A.
履歴
登録2000年10月5日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02001年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8616
ポリマ－10,8616
非ポリマー00
水23413
1
A: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6202
ポリマ－3,6202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6202
ポリマ－3,6202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6202
ポリマ－3,6202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.149, 36.900, 110.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-103-

HOH

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: ethanol, magnesium chloride, sodium cacodylate, tetra-arginine, spermine tetrachloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ethanol11
2magnesium chloride11
3sodium cacodylate11
4tetra-arginine11
5spermine tetrachloride11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1988年7月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.297→55.015 Å / Num. all: 3504 / Num. obs: 3504 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.0525
反射 シェル解像度: 2.3→2.45 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Num. unique all: 456 / % possible all: 61.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
CAD4データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A-DNA form fiber

解像度: 2.3→8 Å / Num. parameters: 2801 / Num. restraintsaints: 3093 / σ(I): 2
立体化学のターゲット値: Clowney et al. Gelbin et al. Parkinson et al.
詳細: Used Konnert-Hendrickson conjugate-gradient algorithm instead of the full matrix approach.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 168 -Every 20 reflections one was kept for R-free calculations
Rwork0.1875 ---
all0.2137 3376 --
obs0.205 2839 78.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 687 0 13 700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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