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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g00 | ||||||||||||||||||
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タイトル | ALTERNATION OF DNA AND SOLVENT LAYERS IN THE A FORM OF D(GGCGCC) OBTAINED BY ETHANOL CRYSTALLIZATION | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / DOUBLE HELIX / A-DNA (A-DNA) / DNA LAYERS | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | データ登録者 | Urpi, L. / Navaza, J. / Subirana, J.A. | 引用 | ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2000 | タイトル: Alternation of DNA and solvent layers in the A form of d(GGCGCC) obtained by ethanol crystallization. 著者: Urpi, L. / Navaza, J. / Subirana, J.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g00.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g00.ent.gz | 18 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g00.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/1g00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/1g00 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.94 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: ethanol, magnesium chloride, sodium cacodylate, tetra-arginine, spermine tetrachloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1988年7月14日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.297→55.015 Å / Num. all: 3504 / Num. obs: 3504 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.0525 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.45 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Num. unique all: 456 / % possible all: 61.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: A-DNA form fiber 解像度: 2.3→8 Å / Num. parameters: 2801 / Num. restraintsaints: 3093 / σ(I): 2 立体化学のターゲット値: Clowney et al. Gelbin et al. Parkinson et al. 詳細: Used Konnert-Hendrickson conjugate-gradient algorithm instead of the full matrix approach.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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