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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g00 | ||||||||||||||||||
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タイトル | ALTERNATION OF DNA AND SOLVENT LAYERS IN THE A FORM OF D(GGCGCC) OBTAINED BY ETHANOL CRYSTALLIZATION | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DOUBLE HELIX / A-DNA / DNA LAYERS | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Urpi, L. / Navaza, J. / Subirana, J.A. | ![]() ![]() タイトル: Alternation of DNA and solvent layers in the A form of d(GGCGCC) obtained by ethanol crystallization. 著者: Urpi, L. / Navaza, J. / Subirana, J.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 386.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.94 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: ethanol, magnesium chloride, sodium cacodylate, tetra-arginine, spermine tetrachloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1988年7月14日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.297→55.015 Å / Num. all: 3504 / Num. obs: 3504 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.0525 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.45 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Num. unique all: 456 / % possible all: 61.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: A-DNA form fiber 解像度: 2.3→8 Å / Num. parameters: 2801 / Num. restraintsaints: 3093 / σ(I): 2 立体化学のターゲット値: Clowney et al. Gelbin et al. Parkinson et al. 詳細: Used Konnert-Hendrickson conjugate-gradient algorithm instead of the full matrix approach.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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