PDB-1fyi: 11-MER DNA DUPLEX CONTAINING A 2'-DEOXYARISTEROMYCIN 8-OXO-GUANIN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fyi

タイトル

11-MER DNA DUPLEX CONTAINING A 2'-DEOXYARISTEROMYCIN 8-OXO-GUANINE BASE PAIR;

要素

5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*(2AR)P*GP*TP*CP*AP*C)-3'
5'-D(*GP*TP*GP*AP*CP*(8OG)P*CP*AP*CP*TP*G)-3'

キーワード

DNA / 2'-Deoxyaristeromycin / 8-oxo-Guanine

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / restrained molecular dynamics

データ登録者

Smirnov, S. / Johnson, F. / de los Santos, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural NMR characterization of an 11-mer DNA Duplex Containing a 2'-deoxyaristeromycin 8-oxo-Guanine pair, nonhydrolyzable substrate analog for the DNA repair enzyme MutY
著者: Smirnov, S. / Johnson, F. / de los Santos, C.

履歴

登録	2000年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fyi.cif.gz	135.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fyi.ent.gz	106.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fyi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1fyi_validation.pdf.gz	318.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1fyi_full_validation.pdf.gz	394.9 KB	表示
XML形式データ	1fyi_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	1fyi_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyi	HTTPS FTP

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関連構造データ

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登録構造単位

A: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*(2AR)P*GP*TP*CP*AP*C)-3'

B: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*CP*(8OG)P*CP*AP*CP*TP*G)-3'

6.75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	9 / 15	target function
代表モデル	モデル #4	closest to the average

#1: DNA鎖	5'-D(CPAPGPTPGP(2AR)PGPTPCPAPC)-3' 分子量: 3356.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成
#2: DNA鎖	5'-D(GPTPGPAPCP(8OG)PCPAPCPTPG)-3' 分子量: 3390.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	2	2D NOESY
2	3	2	DQF-COSY
2	4	2	TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	280 OD260 in 0.6 ml of 50 mM phosphate buffer, pH 6.8	90% H2O/10% D2O
2	280 OD260 in 0.6 ml of 50 mM phosphate buffer, pH 6.8	99.6% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	50mM	6.8	1 atm	284 K
2	50mM	6.8	1 atm	298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	500	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	5	Varian Co.	collection
Felix	95	MSI Co.	データ解析
X-PLOR	3.8	A. Brunger	精密化

精密化

手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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