PDB-1fyg: Solution structure of omega conotoxin SO3 determined by 1H-NMR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fyg

タイトル

Solution structure of omega conotoxin SO3 determined by 1H-NMR

要素

OMEGA CONOTOXIN SO3

キーワード

TOXIN / beta sheet

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Yan, Y. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: Chin.Sci.Bull. / 年: 2003
タイトル: Three-dimensional solution structure of w-conotoxin SO3 determined by 1H NMR
著者: Yan, Y. / Tu, G. / Luo, X. / Dai, Q. / Huang, P. / Zhang, R.

履歴

登録	2000年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fyg.cif.gz	69 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fyg.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fyg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1fyg_validation.pdf.gz	348.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1fyg_full_validation.pdf.gz	408.8 KB	表示
XML形式データ	1fyg_validation.xml.gz	6.5 KB	表示
CIF形式データ	1fyg_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xrx-d 2f2j-d 1ttl-d 1hp9-d 2mn1-d 2ml7-d 5ug5-d 1jjz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OMEGA CONOTOXIN SO3

2.57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 300	target function
代表モデル	モデル #5	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	OMEGA CONOTOXIN SO3 分子量: 2573.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE OCCURS NATURALLY IN THE VENOM OF CONUS STRIATUS (STRIATED CONE). 参照: UniProt: Q9XZK2
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: none / pH: 4.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AM / 製造業者: Bruker / モデル: AM / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XwinNMR		データ解析
DIANA	6.3	構造決定
DIANA	6.3	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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