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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fww | ||||||
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タイトル | AQUIFEX AEOLICUS KDO8P SYNTHASE IN COMPLEX WITH PEP, A5P AND CADMIUM | ||||||
要素 | 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE | ||||||
キーワード | LYASE / kdo8ps / kdo8p / kdo / PEP / A5P / beta/alpha barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monosaccharide biosynthetic process / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Duewel, H.S. / Radaev, S. / Wang, J. / Woodard, R.W. / Gatti, D.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis. 著者: Kona, F. / Tao, P. / Martin, P. / Xu, X. / Gatti, D.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fww.cif.gz | 118.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fww.ent.gz | 91.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fww.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fww_validation.pdf.gz | 472.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fww_full_validation.pdf.gz | 481.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fww_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fww_validation.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/1fww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/1fww | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer constructed from chain A and chain B and their symmetry partners generated by application of the symmetry operation (x=y, y=x, z=-z) |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29774.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: PAAKDSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66496, EC: 4.1.2.16 |
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-非ポリマー , 5種, 209分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-A5P / | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 100 mM Na-acetate, 6% PEG 4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 278K, temperature 278.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 1:1 ratio | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→27.13 Å / Num. all: 51825 / Num. obs: 51825 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.97 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Num. unique all: 5605 / % possible all: 60.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 27 Å / Num. measured all: 763003 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 60.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→27.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 608354.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.45 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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