ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 解像度: 1.85→27.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 608354.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.238 | 5271 | 10.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.205 | - | - | - |
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all | - | 51825 | - | - |
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obs | - | 51825 | 91.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.45 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 4.52 Å2 | 3.71 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 4.52 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -9.04 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.3 Å | 0.25 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.28 Å | 0.24 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.13 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4078 | 0 | 41 | 203 | 4322 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.86 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.27 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.9 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.98 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.91 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.459 | 554 | 9.9 % |
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Rwork | 0.412 | 5051 | - |
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obs | - | - | 60.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | PEP_A5P_MOD4.PARAMPEP_A5P.TOP | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.87 | | | | | | |
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