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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fwt | ||||||
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タイトル | AQUIFEX AEOLICUS KDO8P SYNTHASE IN COMPLEX WITH PEP, E4P AND CADMIUM | ||||||
要素 | 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE | ||||||
キーワード | LYASE / kdo8ps / kdo8p / kdo / PEP / A5P / beta/alpha barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monosaccharide biosynthetic process / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Duewel, H.S. / Radaev, S. / Wang, J. / Woodard, R.W. / Gatti, D.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Substrate and metal complexes of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Aquifex aeolicus at 1.9-A resolution. Implications for the condensation mechanism. 著者: Duewel, H.S. / Radaev, S. / Wang, J. / Woodard, R.W. / Gatti, D.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fwt.cif.gz | 118.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fwt.ent.gz | 91.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fwt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fwt_validation.pdf.gz | 477.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fwt_full_validation.pdf.gz | 485.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fwt_validation.xml.gz | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fwt_validation.cif.gz | 32.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/1fwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/1fwt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer constructed from chain A and chain B and their symmetry partners generated by application of the symmetry operation (x=y, y=x, z=-z) |
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29774.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: PAAKDSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66496, EC: 4.1.2.16 #4: 糖 | ChemComp-E4P / | |
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-非ポリマー , 4種, 228分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 100 mM Na-acetate, 6% PEG 4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 278K, temperature 278.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 1:1 ratio | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25.45 Å / Num. all: 46313 / Num. obs: 46313 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Num. unique all: 4675 / % possible all: 54.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 556519 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 54.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→25.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 700617 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.13 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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