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- PDB-1frn: THE INVOLVEMENT OF SER96 IN THE CATALYTIC MECHANISM OF FERREDOXIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1frn
タイトルTHE INVOLVEMENT OF SER96 IN THE CATALYTIC MECHANISM OF FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE: STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIP AS STUDIED BY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY
要素FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (NADP+(A) / FERREDOXIN(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Ferredoxin--NADP reductase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bruns, C.M. / Karplus, P.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Involvement of serine 96 in the catalytic mechanism of ferredoxin-NADP+ reductase: structure--function relationship as studied by site-directed mutagenesis and X-ray crystallography.
著者: Aliverti, A. / Bruns, C.M. / Pandini, V.E. / Karplus, P.A. / Vanoni, M.A. / Curti, B. / Zanetti, G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Refined Crystal Structure of Spinach Ferredoxin Reductase at 1.7 Angstroms Resolution: Oxidized, Reduced, and 2'-Phospho-5'-AMP Bound States
著者: Bruns, C.M. / Karplus, P.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Atomic Structure of Ferredoxin-Nadp+ Reductase: Prototype for a Structurally Novel Flavoenzyme Family
著者: Karplus, P.A. / Daniels, M.J. / Herriott, J.R.
履歴
登録1995年3月31日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4184
ポリマ－35,4421
非ポリマー9773
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.700, 57.700, 68.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 150
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-546-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN-NADP+ REDUCTASE


分子量: 35441.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
器官: LEAF / プラスミド: PDS12/RBSII SPH(I) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00455, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細COMPND PH 4.6, RESIDUE 96 MUTATED FROM SERINE TO VALINE, RECOMBINANT VARIANT WITH PHENYLALANINE AT ...COMPND PH 4.6, RESIDUE 96 MUTATED FROM SERINE TO VALINE, RECOMBINANT VARIANT WITH PHENYLALANINE AT RESIDUE 269.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 4.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Msodium acetate11
21.55-1.60 Mammonium sulfate11
33.4 mg/mlprotein11

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データ収集

放射光源波長: 1.5
検出器タイプ: SDMS / 日付: 1994年6月15日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射
*PLUS
Num. obs: 22757 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.088

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5A精密化
SDMSデータ削減
精密化最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.162 22757
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2357 0 63 221 2641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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