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- PDB-1fp0: SOLUTION STRUCTURE OF THE PHD DOMAIN FROM THE KAP-1 COREPRESSOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fp0
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE PHD DOMAIN FROM THE KAP-1 COREPRESSOR
要素KAP-1 COREPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION / PHD domain / C3HC4 type zinc binding domain / NMR-structure
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / suppression of viral release by host / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / genomic imprinting / chromo shadow domain binding / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation ...convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / suppression of viral release by host / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / genomic imprinting / chromo shadow domain binding / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / protein sumoylation / epithelial to mesenchymal transition / heterochromatin / embryo implantation / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of DNA repair / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of protein import into nucleus / HCMV Early Events / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / protein kinase activity / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription intermediary factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Capili, A.D. / Schultz, D.C. / Rauscher III, F.J. / Borden, K.L.B.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the PHD domain from the KAP-1 corepressor: structural determinants for PHD, RING and LIM zinc-binding domains.
著者: Capili, A.D. / Schultz, D.C. / RauscherIII, F.J. / Borden, K.L.
履歴
登録2000年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KAP-1 COREPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0703
ポリマ－9,9391
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 KAP-1 COREPRESSOR / TRANSCRIPTION INTERMEDIARY FACTOR 1-BETA / NUCLEAR COREPRESSOR / KAP-1 / KRAB-ASSOCIATED PROTEIN 1


分子量: 9939.204 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PQE50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13263
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: First 17 residues (MRGSHHHHHHGSDIIDE) and last 9 residues (VDLQACKLN) do not belong to the natural protein molecule, residues 618 to 679 corresponds to KAP-1, structured region corresponds to ...Text: First 17 residues (MRGSHHHHHHGSDIIDE) and last 9 residues (VDLQACKLN) do not belong to the natural protein molecule, residues 618 to 679 corresponds to KAP-1, structured region corresponds to residues 627-670 which contain the PHD domain

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5-3.0 mM 15N-labelled or unlabelled KAP-1 PHD, 20 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.590% H2O/10% D2O
21.5-3.0 mM unlabelled KAP-1 PHD, 20 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.5100% D2O
試料状態pH: 7.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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