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- PDB-1fmm: SOLUTION STRUCTURE OF NFGF-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fmm
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF NFGF-1
要素ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / growth factor / triple resonance / mitogen / wound healing / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / fibroblast growth factor receptor binding / S100 protein binding / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell division / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / growth factor activity / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / positive regulation of angiogenesis ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / fibroblast growth factor receptor binding / S100 protein binding / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell division / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / growth factor activity / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / positive regulation of angiogenesis / integrin binding / heparin binding / cell cortex / angiogenesis / cell differentiation / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Notophthalmus viridescens (両生類)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Arunkumar, A.I. / Srisailam, S. / Kumar, T.K.S. / Chiu, I.M. / Yu, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and stability of an acidic fibroblast growth factor from Notophthalmus viridescens.
著者: Arunkumar, A.I. / Srisailam, S. / Kumar, T.K. / Kathir, K.M. / Chi, Y.H. / Wang, H.M. / Chang, G.G. / Chiu, I. / Yu, C.
履歴
登録2000年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0341
ポリマ－15,0341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR / NFGF-1


分子量: 15033.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Notophthalmus viridescens (両生類)
Cell: FIBROBLAST / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIF8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 10 mM phosphate and 100 mM sodium Chloride / 溶媒系: water
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AURELIA2.7.5A. I. Arunkumar and S. Srisailamデータ解析
XwinNMR2.6A. I. Arunkumar解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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