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- PDB-1fm2: THE 2 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF CEPHALOSPORIN ACYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fm2
タイトルTHE 2 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF CEPHALOSPORIN ACYLASE
要素(GLUTARYL 7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE) x 2
キーワードHYDROLASE / cephalosporin acylase / antibiotics / penicillin acylase / N-terminal hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase / glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase activity / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob ...Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutaryl-7-aminocephalosporanic-acid acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevundimonas diminuta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, Y. / Yoon, K.H. / Khang, Y. / Turley, S. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: The 2.0 A crystal structure of cephalosporin acylase.
著者: Kim, Y. / Yoon, K. / Khang, Y. / Turley, S. / Hol, W.G.
履歴
登録2000年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTARYL 7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE
B: GLUTARYL 7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2532
ポリマ－77,2532
非ポリマー00
水7,602422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.6, 73.6, 380.9
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 GLUTARYL 7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE / CEPHALOSPORIN ACYLASE


分子量: 18567.113 Da / 分子数: 1 / 断片: ALPHA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
プラスミド: PET SYSTEM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5D6
#2: タンパク質 GLUTARYL 7-AMINOCEPHALOSPORANIC ACID ACYLASE / CEPHALOSPORIN ACYLASE


分子量: 58686.363 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
プラスミド: PET SYSTEM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5D6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.13 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG8000, 200 mM MgAcetate, 100 mM NaCacodylate, 10 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 21K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 57 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium phosphate1drop
3150 mM1dropNaCl
420 %(w/v)PEG80001reservoir
510 mMdithiothreitol1reservoir
6200 mMmagnesium acetate1reservoir
7100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0000, 0.96410, 0.97820, 0.97946
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.96411
30.97821
40.979461
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 134878 / Num. obs: 124497 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 4.2 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Num. unique all: 13438 / % possible all: 88.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 190883
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→40 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.23 3316 random
Rwork0.208 --
all0.213 72386 -
obs0.21 65919 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5298 0 0 422 5720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.208 / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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