PDB-1fjn: SOLUTION STRUCTURE AND ACTIVITY OF THE FOUR DISULFIDE BOND MEDITE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fjn

タイトル

SOLUTION STRUCTURE AND ACTIVITY OF THE FOUR DISULFIDE BOND MEDITERRANEAN MUSSEL DEFENSIN MGD-1

要素

DEFENSIN MGD-1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Defensin / Cystine stabilized alpha-beta motif / antibacterial / disulfide bond / synthesis

機能・相同性

Arthropod defensin / Invertebrate defensins family profile. / Defensin, invertebrate/fungal / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / Defensin MGD-1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Yang, Y.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Solution structure and activity of the synthetic four-disulfide bond Mediterranean mussel defensin (MGD-1).
著者: Yang, Y.S. / Mitta, G. / Chavanieu, A. / Calas, B. / Sanchez, J.F. / Roch, P. / Aumelas, A.

履歴

登録	2000年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fjn.cif.gz	226.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fjn.ent.gz	187 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1fjn_validation.pdf.gz	344.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1fjn_full_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示
XML形式データ	1fjn_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	1fjn_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/1fjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/1fjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1mr0-d 1l3y-d 1p00-d 2m9j-d 2eyc-d 4gwt-d 1i2u-d 2fd7-d 5vtj-d 5w9f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DEFENSIN MGD-1

4.42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	DEFENSIN MGD-1 分子量: 4417.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: MGD-1 WAS OBTAINED BY SOLID PHASE SYNTHESIS BY USING THE FMOC STRATEGY. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE OCCURS NATURALLY IN MEDITERRANEAN MUSSEL (MYTILUS GALLOPROVINCIALIS) 参照: UniProt: P80571
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D COSY TOCSY NOESY
NMR実験の詳細	Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. Several data sets were recorded at temperature ranging from 280 to 320 degres Kelvin

-
試料調製

詳細	内容: 3 mM MGD-1 solution (0.15ml in a Shigemi tube), pH 3.3 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: nd / pH: 3.3 / 圧: ambient / 温度: 285 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software	名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化
精密化	手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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