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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fjm | |||||||||
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タイトル | Protein serine/threonine phosphatase-1 (alpha isoform, type 1) complexed with microcystin-LR toxin | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE (加水分解酵素) / TOXIN (毒素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fatty acid derivative binding / regulation of translational initiation by eIF2 alpha dephosphorylation / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / protein phosphatase type 1 complex / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / グリコーゲン / regulation of glycogen biosynthetic process / peptidyl-serine dephosphorylation ...fatty acid derivative binding / regulation of translational initiation by eIF2 alpha dephosphorylation / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / protein phosphatase type 1 complex / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / グリコーゲン / regulation of glycogen biosynthetic process / peptidyl-serine dephosphorylation / beta-catenin destruction complex disassembly / peptidyl-threonine dephosphorylation / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / myosin phosphatase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / Triglyceride catabolism / entrainment of circadian clock by photoperiod / protein phosphatase activator activity / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / ribonucleoprotein complex binding / 脱リン酸化 / viral process / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / negative regulation of protein binding / response to lead ion / 接着結合 / circadian regulation of gene expression / lung development / regulation of circadian rhythm / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Circadian Clock / presynapse / perikaryon / 樹状突起スパイン / 細胞周期 / 細胞分裂 / glutamatergic synapse / 核小体 / extracellular exosome / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) Microcystis aeruginosa (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Goldberg, J. / Nairn, A.C. / Kuriyan, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: Three-dimensional structure of the catalytic subunit of protein serine/threonine phosphatase-1. 著者: Goldberg, J. / Huang, H.B. / Kwon, Y.G. / Greengard, P. / Nairn, A.C. / Kuriyan, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fjm.cif.gz | 137.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fjm.ent.gz | 106.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fjm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/1fjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/1fjm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.251034, -0.966528, 0.052974), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37558.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 参照: UniProt: P08129, UniProt: P62139*PLUS, protein-serine/threonine phosphatase #2: タンパク質・ペプチド | #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ELECTRON DENSITY MAPS SHOW THAT RESIDUE CYSTEINE 127 IS OXIDIZED, WITH A TERMINAL SULPHINYL OR ...ELECTRON DENSITY MAPS SHOW THAT RESIDUE CYSTEINE 127 IS OXIDIZED, WITH A TERMINAL SULPHINYL OR SULPHONYL GROUP. HOWEVER, THE TERMINAL OXYGEN ATOMS OF THE SIDE CHAIN HAVE NOT BEEN MODELLED. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 38768 / % possible obs: 99.5 % / Num. measured all: 180676 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.136 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→6 Å / Rfactor Rwork: 0.178 / Rfactor obs: 0.178 / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection all: 36974 / Rfactor all: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |