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- PDB-1fho: Solution Structure of the PH Domain from the C. Elegans Muscle Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fho
タイトルSolution Structure of the PH Domain from the C. Elegans Muscle Protein UNC-89
要素UNC-89
キーワードSIGNALING PROTEIN / Pleckstrin Homology domain / electrostatics / muscle / signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


nematode pharyngeal gland morphogenesis / Synaptic adhesion-like molecules / regulation of skeletal muscle contraction by calcium ion signaling / MATH domain binding / striated muscle myosin thick filament assembly / positive regulation of locomotion / positive regulation of sarcomere organization / myosin filament assembly / positive regulation of striated muscle contraction / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum ...nematode pharyngeal gland morphogenesis / Synaptic adhesion-like molecules / regulation of skeletal muscle contraction by calcium ion signaling / MATH domain binding / striated muscle myosin thick filament assembly / positive regulation of locomotion / positive regulation of sarcomere organization / myosin filament assembly / positive regulation of striated muscle contraction / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / skeletal muscle myosin thick filament assembly / M band / A band / sarcomere organization / phosphatase binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small GTPase binding / intracellular protein localization / protein kinase activity / positive regulation of gene expression / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RCSD / RCSD region / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) ...RCSD / RCSD region / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 3 domains / Immunoglobulin V-set domain / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Roll / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Muscle M-line assembly protein unc-89
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / Automated NOE assignment,Torsion angle dynamics, Cartesian simulated annealing.
データ登録者Blomberg, N. / Baraldi, E. / Sattler, M. / Saraste, M. / Nilges, M.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Structure of a PH domain from the C. elegans muscle protein UNC-89 suggests a novel function.
著者: Blomberg, N. / Baraldi, E. / Sattler, M. / Saraste, M. / Nilges, M.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1999
タイトル: 1H, 15N, and 13C Resonance Assignment of the PH Domain from C. elegans UNC-89
著者: Blomberg, N. / Sattler, M. / Nilges, M.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: Classification of Protein Sequences by Homology Modelling and Quantitative Analysis of Electrostatic Similarity
著者: Blomberg, N. / Gabdoulline, R.R. / Nilges, M. / Wade, R.C.
#3: ジャーナル: Fold.Des. / 年: 1997
タイトル: Functional Diversity of PH Domains: an Exhaustive Modelling Study
著者: Blomberg, N. / Nilges, M.
履歴
登録2000年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNC-89


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1041
ポリマ－14,1041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 UNC-89


分子量: 14103.741 Da / 分子数: 1 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY (PH) DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
プラスミド: PBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O01761

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA
34315N HSQC not decoupled
NMR実験の詳細Text: Structure determined using triple resonance NMR techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1800 uM UNC-89 PH domain 13C,15N; 5mM sodium phosphate95% H2O/ 5% D2O; 15% dDMSO added to sample
2800 uM UNC-89 PH domain 15N; 5mM sodium phosphate95% H2O/ 5% D2O; 15% dDMSO added to sample
3800 uM UNC-89 PH domain 15N; 5mM sodium phosphate95% H2O/ 5% D2O; DMPC/DLPC/SDS (ratio 3.2:1:0.1; 5% w/v total lipid)
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
15mM 6.8ambient 303 K
25mM 6.8ambient 303 K
35mM 6.8ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2Brukercollection
NMRPipe1.7Delaglio et al解析
XEASY1.3.13Xia et alデータ解析
ARIA0.5Nilges構造決定
CNS0.5Brunger et al構造決定
CNS0.5Brunger et al精密化
精密化手法: Automated NOE assignment,Torsion angle dynamics, Cartesian simulated annealing.
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was calculated automated NOE assignment and structure calculation using ARIA/CNS. Manual NOE assignments were added between cycles of automated assignment. The final structures ...詳細: The structure was calculated automated NOE assignment and structure calculation using ARIA/CNS. Manual NOE assignments were added between cycles of automated assignment. The final structures were refined in a shell of explicit solvent. Data consisted of: 1230 unique NOE restaints; 44 phi restraints (3JHNHA scalar couplings, direct refinement against couplings); 41 1JHN residual dipolar couplings. Final ensemble was refined in explicit water.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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