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- PDB-1fg9: 3:1 COMPLEX OF INTERFERON-GAMMA RECEPTOR WITH INTERFERON-GAMMA DIMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fg9
タイトル3:1 COMPLEX OF INTERFERON-GAMMA RECEPTOR WITH INTERFERON-GAMMA DIMER
要素
  • INTERFERON GAMMA
  • INTERFERON-GAMMA RECEPTOR ALPHA CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / cytokine-receptor complex / fibronectin type-III
機能・相同性
機能・相同性情報


type II interferon receptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / : / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of protein deacetylation ...type II interferon receptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / : / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / type II interferon receptor binding / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation involved in immune response / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of protein deacetylation / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / : / negative regulation of amyloid-beta clearance / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of core promoter binding / neuroinflammatory response / positive regulation of exosomal secretion / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of metabolic process / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of amyloid-beta formation / IFNG signaling activates MAPKs / negative regulation of epithelial cell differentiation / cytokine binding / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of autophagy / positive regulation of interleukin-12 production / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / regulation of insulin secretion / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of protein localization to plasma membrane / astrocyte activation / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / cytokine-mediated signaling pathway / response to virus / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of inflammatory response / Interferon gamma signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / defense response to virus / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon gamma receptor 1, transmembrane region / Interferon gamma receptor, D2 domain, poxvirus/mammal / Interferon gamma receptor (IFNGR1), D2 domain / Interferon gamma receptor alpha subunit / Interferon gamma / Interferon gamma / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core ...Interferon gamma receptor 1, transmembrane region / Interferon gamma receptor, D2 domain, poxvirus/mammal / Interferon gamma receptor (IFNGR1), D2 domain / Interferon gamma receptor alpha subunit / Interferon gamma / Interferon gamma / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon gamma / Interferon gamma receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Thiel, D.J. / le Du, M.-H. / Walter, R.L. / D'Arcy, A. / Chene, C. / Fountoulakis, M. / Garotta, G. / Winkler, F.K. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Observation of an unexpected third receptor molecule in the crystal structure of human interferon-gamma receptor complex.
著者: Thiel, D.J. / le Du, M.H. / Walter, R.L. / D'Arcy, A. / Chene, C. / Fountoulakis, M. / Garotta, G. / Winkler, F.K. / Ealick, S.E.
履歴
登録2000年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERFERON GAMMA
B: INTERFERON GAMMA
C: INTERFERON-GAMMA RECEPTOR ALPHA CHAIN
D: INTERFERON-GAMMA RECEPTOR ALPHA CHAIN
E: INTERFERON-GAMMA RECEPTOR ALPHA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4105
ポリマ－114,4105
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)199.300, 114.650, 74.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 INTERFERON GAMMA


分子量: 15730.941 Da / 分子数: 2 / 断片: 10 C-TERMINAL RESIDUES DELETED / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01579
#2: タンパク質 INTERFERON-GAMMA RECEPTOR ALPHA CHAIN


分子量: 27649.396 Da / 分子数: 3 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9 INSECT CELLS / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P15260
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12.5% PEG 8000, TRIS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 61 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112.5 %PEG80001reservoir
2Tris-HCl1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンCHESS A110.92
シンクロトロンCHESS F220.9795
検出器
タイプID検出器
PRINCETON 2K1CCD
CUSTOM-MADE2CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.921
20.97951
反射解像度: 2.9→45 Å / Num. all: 33105 / Num. obs: 33105 / % possible obs: 80.1 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056
反射
*PLUS
Num. measured all: 176010

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
X-PLOR精密化
精密化解像度: 2.9→6 Å / Rfactor Rfree: 0.302 / Rfactor Rwork: 0.237
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6905 0 0 0 6905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.9
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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