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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fez | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS CEREUS PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE COMPLEXED WITH TUNGSTATE, A PRODUCT ANALOG | ||||||
要素 | PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HAD-family alpha/beta core domain / Mg(II) binding site / 5-helix bundle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphonoacetaldehyde hydrolase / phosphonoacetaldehyde hydrolase activity / organic phosphonate catabolic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Morais, M.C. / Zhang, W. / Baker, A.S. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: The crystal structure of bacillus cereus phosphonoacetaldehyde hydrolase: insight into catalysis of phosphorus bond cleavage and catalytic diversification within the HAD enzyme superfamily. 著者: Morais, M.C. / Zhang, W. / Baker, A.S. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Phosphonoacetaldehyde Hydrolase 著者: Morais, M.C. / Baker, A.S. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fez.cif.gz | 190.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fez.ent.gz | 155.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fez.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fez_validation.pdf.gz | 478.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fez_full_validation.pdf.gz | 536.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fez_validation.xml.gz | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fez_validation.cif.gz | 59.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1fez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1fez | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A and chain B. The conformations of each monomer in the dimer are different. The crystallographic tetramer is generated by a non-crystallographic translation of this dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29162.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31156 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291.14 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 4000, TRIS-HCl, magnesium chloride, , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.14K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.196994 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.196994 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 38774 / Num. obs: 38774 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.42 % / Biso Wilson estimate: 16.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Net I/σ(I): 6.56 |
反射 シェル | 解像度: 3→100 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. unique all: 3461 / % possible all: 91 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→100 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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