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万見
- PDB-1fez: THE CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS CEREUS PHOSPHONOACETALDEHYDE HY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fez
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS CEREUS PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE COMPLEXED WITH TUNGSTATE, A PRODUCT ANALOG
要素PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / HAD-family alpha/beta core domain / Mg(II) binding site / 5-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphonoacetaldehyde hydrolase / phosphonoacetaldehyde hydrolase activity / organic phosphonate catabolic process / phosphoglycolate phosphatase activity / DNA repair / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphonoacetaldehyde hydrolase / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...Phosphonoacetaldehyde hydrolase / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / Phosphonoacetaldehyde hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Morais, M.C. / Zhang, W. / Baker, A.S. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of bacillus cereus phosphonoacetaldehyde hydrolase: insight into catalysis of phosphorus bond cleavage and catalytic diversification within the HAD enzyme superfamily.
著者: Morais, M.C. / Zhang, W. / Baker, A.S. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Phosphonoacetaldehyde Hydrolase
著者: Morais, M.C. / Baker, A.S. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2000年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE
B: PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE
C: PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE
D: PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,24310
ポリマ－116,6504
非ポリマー5936
水28816
1
A: PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE
B: PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6215
ポリマ－58,3252
非ポリマー2963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area22530 Å2
手法PISA
2
C: PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE
D: PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6215
ポリマ－58,3252
非ポリマー2963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.478, 45.778, 130.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A and chain B. The conformations of each monomer in the dimer are different. The crystallographic tetramer is generated by a non-crystallographic translation of this dimer

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要素

#1: タンパク質
PHOSPHONOACETALDEHYDE HYDROLASE


分子量: 29162.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31156
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 291.14 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 4000, TRIS-HCl, magnesium chloride, , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.14K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
230 %PEG40001reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoir
4100 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.196994
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.196994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 38774 / Num. obs: 38774 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.42 % / Biso Wilson estimate: 16.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Net I/σ(I): 6.56
反射 シェル解像度: 3→100 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. unique all: 3461 / % possible all: 91
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
XTALVIEW精密化
SOLVE位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 3→100 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1739 -RANDOM
Rwork0.248 ---
all-17343 --
obs-17343 70.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8164 0 14 16 8194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONcns_dihedral_angles21.69
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.53
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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