+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fdk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE (PLA2-MJ33 INHIBITOR COMPLEX) | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / LIPID DEGRADATION / ENZYME / CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity ...Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of fibroblast proliferation / antibacterial humoral response / defense response to Gram-positive bacterium / signaling receptor binding / calcium ion binding / cell surface / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / THE HIGH RESOLUTION ATOMIC COORDINATES OF THE WILD TYPE WERE USED AS THE STARTING MODEL FOR REFINEMENT / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Sundaralingam, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of the complex of bovine pancreatic phospholipase A2 with the inhibitor 1-hexadecyl-3-(trifluoroethyl)-sn-glycero-2-phosphomethanol,. 著者: Sekar, K. / Eswaramoorthy, S. / Jain, M.K. / Sundaralingam, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Structure of the Complex of Bovine Pancreatic Phospholipase A2 with a Transition-State Analogue 著者: Sekar, K. / Kumar, A. / Liu, X. / Tsai, M.-D. / Gelb, M.H. / Sundaralingam, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: 1.72 A Resolution Refinement of the Trigonal Form of Bovine Pancreatic Phospholipase A2 著者: Sekar, K. / Sekharudu, C. / Tsai, M.-D. / Sundaralingam, M. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Phospholipase A2 Engineering. Structural and Functional Roles of the Highly Conserved Active Site Residue Aspartate-99 著者: Sekar, K. / Yu, B.Z. / Rogers, J. / Lutton, J. / Liu, X. / Chen, X. / Tsai, M.D. / Jain, M.K. / Sundaralingam, M. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Phospholipase A2 Engineering. Deletion of the C-Terminus Segment Changes Substrate Specificity and Uncouples Calcium and Substrate Binding at the Zwitterionic Interface 著者: Huang, B. / Yu, B.Z. / Rogers, J. / Byeon, I.J. / Sekar, K. / Chen, X. / Sundaralingam, M. / Tsai, M.D. / Jain, M.K. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Phospholipase A2 Engineering. X-Ray Structural and Functional Evidence for the Interaction of Lysine-56 with Substrates 著者: Noel, J.P. / Bingman, C.A. / Deng, T.L. / Dupureur, C.M. / Hamilton, K.J. / Jiang, R.T. / Kwak, J.G. / Sekharudu, C. / Sundaralingam, M. / Tsai, M.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fdk.cif.gz | 41 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fdk.ent.gz | 27.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fdk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/1fdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/1fdk | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13810.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: MATURE PLA2 / 器官: PANCREAS / プラスミド: PTO-A2MBL21 / 遺伝子 (発現宿主): MATURE PLA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P00593, phospholipase A2 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-GLE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 % / 解説: TYPE OF RADIATION USED: CUKA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY CO-CRYSTALLIZATION BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING THE CONDITIONS 5 (MICRO)L OF THE MUTANT PROTEIN (15 MG/ML OF THE PROTEIN), 5MM CACL2, 50MM TRIS ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY CO-CRYSTALLIZATION BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING THE CONDITIONS 5 (MICRO)L OF THE MUTANT PROTEIN (15 MG/ML OF THE PROTEIN), 5MM CACL2, 50MM TRIS BUFFER, PH 7.2, 2.0 (MICRO)L OF 75% MPD IN THE DROPLET AND 1(MICRO)L OF MJ33 INHIBITOR SOLUTION (2.5MM CONCENTRATION). THE RESERVOIR CONTAINED (50%) OF MPD., vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS II / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月4日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→51.28 Å / Num. obs: 9907 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.411 / % possible all: 82 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 38344 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: THE HIGH RESOLUTION ATOMIC COORDINATES OF THE WILD TYPE WERE USED AS THE STARTING MODEL FOR REFINEMENT 開始モデル: WILD TYPE PLA2 解像度: 1.91→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.28 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.91→2 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|