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万見
- PDB-1fdk: CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE (PLA2-MJ33 INHIBITOR COMPLEX) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fdk
タイトルCARBOXYLIC ESTER HYDROLASE (PLA2-MJ33 INHIBITOR COMPLEX)
要素PHOSPHOLIPASE A2
キーワードHYDROLASE / LIPID DEGRADATION / ENZYME / CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / bile acid binding ...Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / bile acid binding / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / positive regulation of fibroblast proliferation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / fatty acid biosynthetic process / antibacterial humoral response / defense response to Gram-positive bacterium / signaling receptor binding / calcium ion binding / cell surface / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GLE / Phospholipase A2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / THE HIGH RESOLUTION ATOMIC COORDINATES OF THE WILD TYPE WERE USED AS THE STARTING MODEL FOR REFINEMENT / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Sundaralingam, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the complex of bovine pancreatic phospholipase A2 with the inhibitor 1-hexadecyl-3-(trifluoroethyl)-sn-glycero-2-phosphomethanol,.
著者: Sekar, K. / Eswaramoorthy, S. / Jain, M.K. / Sundaralingam, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of the Complex of Bovine Pancreatic Phospholipase A2 with a Transition-State Analogue
著者: Sekar, K. / Kumar, A. / Liu, X. / Tsai, M.-D. / Gelb, M.H. / Sundaralingam, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: 1.72 A Resolution Refinement of the Trigonal Form of Bovine Pancreatic Phospholipase A2
著者: Sekar, K. / Sekharudu, C. / Tsai, M.-D. / Sundaralingam, M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Phospholipase A2 Engineering. Structural and Functional Roles of the Highly Conserved Active Site Residue Aspartate-99
著者: Sekar, K. / Yu, B.Z. / Rogers, J. / Lutton, J. / Liu, X. / Chen, X. / Tsai, M.D. / Jain, M.K. / Sundaralingam, M.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Phospholipase A2 Engineering. Deletion of the C-Terminus Segment Changes Substrate Specificity and Uncouples Calcium and Substrate Binding at the Zwitterionic Interface
著者: Huang, B. / Yu, B.Z. / Rogers, J. / Byeon, I.J. / Sekar, K. / Chen, X. / Sundaralingam, M. / Tsai, M.D. / Jain, M.K.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Phospholipase A2 Engineering. X-Ray Structural and Functional Evidence for the Interaction of Lysine-56 with Substrates
著者: Noel, J.P. / Bingman, C.A. / Deng, T.L. / Dupureur, C.M. / Hamilton, K.J. / Jiang, R.T. / Kwak, J.G. / Sekharudu, C. / Sundaralingam, M. / Tsai, M.D.
履歴
登録1997年9月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2593
ポリマ－13,8111
非ポリマー4482
水1,54986
1
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子

A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5186
ポリマ－27,6212
非ポリマー8974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+5/31
単位格子
Length a, b, c (Å)46.360, 46.360, 102.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 13810.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: MATURE PLA2 / 器官: PANCREAS / プラスミド: PTO-A2MBL21 / 遺伝子 (発現宿主): MATURE PLA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P00593, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GLE / 1-DECYL-3-TRIFLUORO ETHYL-SN-GLYCERO-2-PHOSPHOMETHANOL


分子量: 408.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32F3O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 % / 解説: TYPE OF RADIATION USED: CUKA
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY CO-CRYSTALLIZATION BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING THE CONDITIONS 5 (MICRO)L OF THE MUTANT PROTEIN (15 MG/ML OF THE PROTEIN), 5MM CACL2, 50MM TRIS ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY CO-CRYSTALLIZATION BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING THE CONDITIONS 5 (MICRO)L OF THE MUTANT PROTEIN (15 MG/ML OF THE PROTEIN), 5MM CACL2, 50MM TRIS BUFFER, PH 7.2, 2.0 (MICRO)L OF 75% MPD IN THE DROPLET AND 1(MICRO)L OF MJ33 INHIBITOR SOLUTION (2.5MM CONCENTRATION). THE RESERVOIR CONTAINED (50%) OF MPD., vapor diffusion - hanging drop
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
25 mM1dropCaCl2
350 mMTris-HCl1drop
475 %MPD1drop
52.5 mMinhibitor1drop
650 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS II / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→51.28 Å / Num. obs: 9907 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.411 / % possible all: 82
反射
*PLUS
Num. measured all: 38344

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
R-AXISIICデータ収集
R-AXISIICデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
R-AXISIIデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: THE HIGH RESOLUTION ATOMIC COORDINATES OF THE WILD TYPE WERE USED AS THE STARTING MODEL FOR REFINEMENT
開始モデル: WILD TYPE PLA2

解像度: 1.91→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.28 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 423 5 %X-PLOR PROGRAM
Rwork0.184 ---
obs0.184 8505 83 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数957 0 27 86 1070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.91→2 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 35 3 %
Rwork0.281 700 -
obs--60 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2MJ33.PARMJ33.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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