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- PDB-1fct: NMR STRUCTURES OF FERREDOXIN CHLOROPLASTIC TRANSIT PEPTIDE FROM C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fct
タイトルNMR STRUCTURES OF FERREDOXIN CHLOROPLASTIC TRANSIT PEPTIDE FROM CHLAMYDOMONAS REINHARDTII PROMOTED BY TRIFLUOROETHANOL IN AQUEOUS SOLUTION
要素FERREDOXIN CHLOROPLASTIC TRANSIT PEPTIDE SEQUENCE FROM THE GREEN ALGA
キーワードTRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster binding / chloroplast / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin, chloroplast transit peptide / Ferredoxin chloroplastic transit peptide / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferredoxin, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法溶液NMR
データ登録者Lancelin, J.-M. / Blackledge, M.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / : 1994
タイトル: NMR structures of ferredoxin chloroplastic transit peptide from Chlamydomonas reinhardtii promoted by trifluoroethanol in aqueous solution.
著者: Lancelin, J.M. / Bally, I. / Arlaud, G.J. / Blackledge, M. / Gans, P. / Stein, M. / Jacquot, J.P.
#1: ジャーナル: Plant Physiol. / : 1993
タイトル: A Cdna Clone Encoding Chlamydomonas Reinhardtii Preferredoxin
著者: Stein, M. / Jacquot, J.-P. / Miginiac-Maslow, M.
履歴
登録1994年3月30日処理サイト: BNL
改定 1.01994年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN CHLOROPLASTIC TRANSIT PEPTIDE SEQUENCE FROM THE GREEN ALGA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3481
ポリマ-3,3481
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Atom site foot note1: MET 31 - ALA 32 MODEL 4 OMEGA =145.82 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: MET 28 - SER 29 MODEL 5 OMEGA =138.81 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: MET 31 - ALA 32 MODEL 7 OMEGA =142.17 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: ARG 12 - VAL 13 MODEL 8 OMEGA =215.92 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: ARG 23 - PRO 24 MODEL 8 OMEGA =146.16 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
6: ARG 23 - PRO 24 MODEL 10 OMEGA =147.21 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: MET 31 - ALA 32 MODEL 13 OMEGA =142.69 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
8: MET 31 - ALA 32 MODEL 14 OMEGA =137.65 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
9: ALA 15 - LYS 16 MODEL 15 OMEGA =144.36 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
10: LYS 16 - PRO 17 MODEL 15 OMEGA =148.98 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
11: PRO 17 - ALA 18 MODEL 15 OMEGA =139.25 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
12: ALA 18 - VAL 19 MODEL 15 OMEGA =214.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
13: MET 31 - ALA 32 MODEL 15 OMEGA =142.29 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
14: MET 31 - ALA 32 MODEL 20 OMEGA =141.96 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
15: LYS 16 - PRO 17 MODEL 21 OMEGA =144.71 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
16: MET 31 - ALA 32 MODEL 22 OMEGA =139.05 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
17: MET 3 - ALA 4 MODEL 23 OMEGA =225.83 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
18: MET 28 - SER 29 MODEL 24 OMEGA =144.45 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
19: MET 31 - ALA 32 MODEL 24 OMEGA =142.45 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
20: MET 31 - ALA 32 MODEL 27 OMEGA =142.57 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)27 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド FERREDOXIN CHLOROPLASTIC TRANSIT PEPTIDE SEQUENCE FROM THE GREEN ALGA


分子量: 3348.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CDNA / 参照: UniProt: P07839

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software名称: Discover / バージョン: 2.9 / 開発者: BIOSYM, INC. / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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