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万見
- PDB-1f9r: CRYSTAL STRUCTURE OF PLATELET FACTOR 4 MUTANT 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f9r
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PLATELET FACTOR 4 MUTANT 1
要素PLATELET FACTOR 4
キーワードCYTOKINE / Platelet Factor 4 Mutant 1
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / killing by host of symbiont cells / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / leukocyte chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / defense response to protozoan ...CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / killing by host of symbiont cells / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / leukocyte chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / defense response to protozoan / monocyte chemotaxis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / neutrophil chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / platelet alpha granule lumen / Cell surface interactions at the vascular wall / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / cytokine-mediated signaling pathway / platelet activation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / : / G alpha (i) signalling events / inflammatory response / receptor ligand activity / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yang, J. / Doyle, M. / Faulk, T. / Visentin, G. / Aster, R. / Edwards, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure Comparison of Two Platelet Factor 4 Mutants with the Wild-type Reveals the Epitopes for the Heparin-induced Thrombocytopenia Antibodies
著者: Yang, J. / Doyle, M. / Faulk, T. / Visentin, G. / Aster, R. / Edwards, B.
履歴
登録2000年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLATELET FACTOR 4
B: PLATELET FACTOR 4
C: PLATELET FACTOR 4
D: PLATELET FACTOR 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1214
ポリマ－31,1214
非ポリマー00
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.820, 77.480, 43.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chain A,B,C and D obeying approximately P222 symmetry

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要素

#1: タンパク質
PLATELET FACTOR 4 / PF-4 / ONCOSTATIN / IROPLACT


分子量: 7780.222 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02776
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 2000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 15560 / Num. obs: 15560 / % possible obs: 80.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.1 % / Num. unique all: 482 / % possible all: 25.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化解像度: 2→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 275074.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1391 9.8 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 14167 73.8 %-
all-14167 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.55 Å2 / ksol: 0.275 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.08 Å20 Å20 Å2
2---16.17 Å20 Å2
3---0.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.35 Å
Luzzati d res low-15 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 0 225 2221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.671.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.071 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.556 62 8.5 %
Rwork0.465 668 -
obs--23.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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