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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f6i | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE E-DNA HEXAMER GGCGM5CC | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / E-DNA / DOUBLE HELIX / METHYLATION | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Vargason, J.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S. | ![]() ![]() タイトル: The extended and eccentric E-DNA structure induced by cytosine methylation or bromination. 著者: Vargason, J.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 14.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 374.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 374.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1824.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: MGCL2, SPERMINE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→500 Å / Num. all: 2571 / Num. obs: 2571 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 28.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / % possible all: 91.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 23113 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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