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- PDB-1f4i: SOLUTION STRUCTURE OF THE HHR23A UBA(2) MUTANT P333E, DEFICIENT I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f4i
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE HHR23A UBA(2) MUTANT P333E, DEFICIENT IN BINDING THE HIV-1 ACCESSORY PROTEIN VPR
要素UV EXCISION REPAIR PROTEIN PROTEIN RAD23 HOMOLOG A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION / alpha helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair ...regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein destabilization / kinase binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / single-stranded DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RAD23A/RAD23B, UBA1 domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain ...RAD23A/RAD23B, UBA1 domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
UV excision repair protein RAD23 homolog A
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing, distance geometry
データ登録者Withers-Ward, E.S. / Mueller, T.D. / Chen, I.S. / Feigon, J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Biochemical and structural analysis of the interaction between the UBA(2) domain of the DNA repair protein HHR23A and HIV-1 Vpr.
著者: Withers-Ward, E.S. / Mueller, T.D. / Chen, I.S. / Feigon, J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of a human DNA repair protein UBA domain that interacts with HIV-1 Vpr
著者: Dieckmann, T. / Withers-Ward, E.S. / Jarosinski, M.A. / Liu, C.F. / Chen, I.S.Y. / Feigon, J.
履歴
登録2000年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UV EXCISION REPAIR PROTEIN PROTEIN RAD23 HOMOLOG A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1841
ポリマ－5,1841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #12lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド UV EXCISION REPAIR PROTEIN PROTEIN RAD23 HOMOLOG A


分子量: 5183.710 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL UBA DOMAIN / 変異: P333E / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE NATURALLY OCCURS IN HUMANS (HOMO SAPIENS).
参照: UniProt: P54725

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細内容: 2mM UBA(2) domain mutant P333E; 50mM phosphate buffer, 150mM sodium chloride; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM sodium phosphate, 150mM sodium chloride
pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker, Karlsruhe解析
XEASY1.3.10Bartelsデータ解析
X-PLOR3.1Brunger精密化
X-PLOR3.1Brunger構造決定
精密化手法: simulated annealing, distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: total number of restraints 826, 204 intraresidual, 182 sequential, 226 medium range (|i-j|<5), 214 long range (|i-j|>=5)
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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