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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f41 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRANSTHYRETIN AT 1.5A RESOLUTION | ||||||
要素 | TRANSTHYRETIN | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Greek key beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hornberg, A. / Eneqvist, T. / Olofsson, A. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: A comparative analysis of 23 structures of the amyloidogenic protein transthyretin. 著者: Hornberg, A. / Eneqvist, T. / Olofsson, A. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f41.cif.gz | 60.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f41.ent.gz | 46 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f41.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f41_validation.pdf.gz | 440.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f41_full_validation.pdf.gz | 443.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f41_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f41_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/1f41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/1f41 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer constructed from the AB dimer and a symmetry dimer generated by the two-fold. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Tissue fraction: PLASMA / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 40% PEG 550MME, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 439563 / Num. obs: 38636 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Num. unique all: 2797 / % possible all: 95.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 58852 / Num. measured all: 439563 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.7 % / Mean I/σ(I) obs: 9.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.3→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Individual anisotropic B-factor refinement as implemented in Refmac was performed. Reflections to 1.3A resolution (40% of total) are also included in the refinement. The completeness at 1.5A ...詳細: Individual anisotropic B-factor refinement as implemented in Refmac was performed. Reflections to 1.3A resolution (40% of total) are also included in the refinement. The completeness at 1.5A is 97.9%. Crystals were grown at physiological pH. CNS was also used for refinement.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 1.36 Å / Rfactor Rfree: 0.271 / Num. reflection Rfree: 290 / Rfactor Rwork: 0.252 / Num. reflection Rwork: 2983 |