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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f3l | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSERVED CORE OF PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE PRMT3 | ||||||
![]() | PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE PRMT3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BETA BARREL / ROSSMANN FOLD / ARGININE METHYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / peptidyl-arginine methylation, to asymmetrical-dimethyl arginine / modified amino acid binding / peptidyl-arginine methylation / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein methylation / protein-arginine N-methyltransferase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / dendritic spine morphogenesis ...Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / peptidyl-arginine methylation, to asymmetrical-dimethyl arginine / modified amino acid binding / peptidyl-arginine methylation / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein methylation / protein-arginine N-methyltransferase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of protein ubiquitination / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / ribosome binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, X. / Zhou, L. / Cheng, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the conserved core of protein arginine methyltransferase PRMT3. 著者: Zhang, X. / Zhou, L. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36208.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.11 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: PEG4000, AMMONIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→30 Å / Biso Wilson estimate: 5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.03 Å / Num. obs: 27345 / % possible obs: 90.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 | ||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 56.9 % / Num. unique obs: 1659 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.03→29.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 252423.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→29.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.03→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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