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- PDB-1f38: X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF PRECORRIN 8W DECARBOXYLASE, T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f38
タイトルX-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF PRECORRIN 8W DECARBOXYLASE, THE PRODUCT OF GENE MT0146 IN THE METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM GENOME
要素PRECORRIN-8W DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / Decarboxylase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalt-precorrin-6B (C15)-methyltransferase [decarboxylating] / cobalt-precorrin-6B C5-methyltransferase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / protein methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Probable cobalt-precorrin-6B C(15)-methyltransferase (decarboxylating) CbiT / Cobalamin biosynthesis, precorrin-6Y methyltransferase, CbiT subunit / : / Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable cobalt-precorrin-6B C(15)-methyltransferase (decarboxylating)
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Keller, J.P. / Smith, P.M. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of MT0146/CbiT suggests that the putative precorrin-8w decarboxylase is a methyltransferase
著者: Keller, J.P. / Smith, P.M. / Benach, J. / Christendat, D. / deTitta, G.T. / Hunt, J.F.
履歴
登録2000年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRECORRIN-8W DECARBOXYLASE
B: PRECORRIN-8W DECARBOXYLASE
C: PRECORRIN-8W DECARBOXYLASE
D: PRECORRIN-8W DECARBOXYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4494
ポリマ－84,4494
非ポリマー00
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.470, 194.760, 59.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chains A -> D.

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要素

#1: タンパク質
PRECORRIN-8W DECARBOXYLASE


分子量: 21112.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
解説: GENOMIC DNA / 遺伝子: MT0146 / プラスミド: PET14A DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O26249
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Magnesium Chloride, PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 26K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1.06884
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06884 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 54692 / Num. obs: 33548 / % possible obs: 73.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→100 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR 3.851
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.291 31870 Random
Rwork0.236 --
all-54692 -
obs-33548 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5568 0 0 180 5748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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