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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f36 | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIS MUTANT K36E REVEALS THAT THE TRANSACTIVATION REGION OF THE FIS PROTEIN CONTAINS EXTENDED MOBILE BETA-HAIRPIN ARMS | ||||||
要素 | FIS | ||||||
キーワード | TRANSACTIVATION REGION / DNA-BINDING PROTEIN / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex ...invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / response to radiation / nucleosome / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Safo, M.K. / Yuan, H.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997 タイトル: The transactivation region of the fis protein that controls site-specific DNA inversion contains extended mobile beta-hairpin arms. 著者: Safo, M.K. / Yang, W.Z. / Corselli, L. / Cramton, S.E. / Yuan, H.S. / Johnson, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f36.cif.gz | 54 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f36.ent.gz | 40.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f36.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f36_validation.pdf.gz | 438.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f36_full_validation.pdf.gz | 442.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f36_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f36_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f36 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11252.853 Da / 分子数: 2 / 変異: K36E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: YMEL / 細胞株: BL21 / 遺伝子: FIS / プラスミド: PRJ1296 / 細胞内の位置 (発現宿主): NUCLEOID / 遺伝子 (発現宿主): FIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (-FIS) / 参照: UniProt: P0A6R3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % 解説: SEARCH MODEL INCLUDED RESIDUES 24 - 98 OF THE DIMER AND THE CORRESPONDING TETRAPEPTIDE CHAINS (RESIDUES 10 - 13). | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: CRYSTALS GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION FROM A SOLUTION OF 20 MG/ML PROTEIN, 500 MM NACL, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.2, 2 M NAFORMATE, AGAINST 4 M NAFORMATE AS THE RESERVOIR, vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月16日 / 詳細: Y |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 7139 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 54.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / % possible all: 55.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 79532 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM OF THE LYS36-GLU FIS STRUCTURE 解像度: 2.65→8 Å / σ(F): 1 詳細: MET A 1 - ASP A 9 ARE DISORDERED IN THE PROTEIN STRUCTURE. MET B 1 - ASP B 9 ARE DISORDERED IN THE PROTEIN STRUCTURE. PREVIOUSLY DISORDERED REGION (RESIDUES 1 - 24) IN ALL THE KNOWN CRYSTAL ...詳細: MET A 1 - ASP A 9 ARE DISORDERED IN THE PROTEIN STRUCTURE. MET B 1 - ASP B 9 ARE DISORDERED IN THE PROTEIN STRUCTURE. PREVIOUSLY DISORDERED REGION (RESIDUES 1 - 24) IN ALL THE KNOWN CRYSTAL STRUCTERS OF THE FIS PROTEIN IS NOW PARTLY RESOLVED IN THIS LYS36-GLU FIS MUTANT (RESIDUES 10 - 24) AS BETA HAIRPIN STRUCTURE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.52 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.77 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.312 |