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- PDB-1f36: THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIS MUTANT K36E REVEALS THAT THE TRANSAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f36
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF FIS MUTANT K36E REVEALS THAT THE TRANSACTIVATION REGION OF THE FIS PROTEIN CONTAINS EXTENDED MOBILE BETA-HAIRPIN ARMS
要素FIS
キーワードTRANSACTIVATION REGION / DNA-BINDING PROTEIN / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / response to radiation ...invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / response to radiation / protein-DNA complex / nucleosome / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Fis / : / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein Fis
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Safo, M.K. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: The transactivation region of the fis protein that controls site-specific DNA inversion contains extended mobile beta-hairpin arms.
著者: Safo, M.K. / Yang, W.Z. / Corselli, L. / Cramton, S.E. / Yuan, H.S. / Johnson, R.C.
履歴
登録1997年6月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIS
B: FIS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5062
ポリマ－22,5062
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.900, 51.900, 294.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 FIS


分子量: 11252.853 Da / 分子数: 2 / 変異: K36E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: YMEL / 細胞株: BL21 / 遺伝子: FIS / プラスミド: PRJ1296 / 細胞内の位置 (発現宿主): NUCLEOID / 遺伝子 (発現宿主): FIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (-FIS) / 参照: UniProt: P0A6R3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
解説: SEARCH MODEL INCLUDED RESIDUES 24 - 98 OF THE DIMER AND THE CORRESPONDING TETRAPEPTIDE CHAINS (RESIDUES 10 - 13).
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: CRYSTALS GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION FROM A SOLUTION OF 20 MG/ML PROTEIN, 500 MM NACL, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.2, 2 M NAFORMATE, AGAINST 4 M NAFORMATE AS THE RESERVOIR, vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
22 Msodium formate1drop
34 Msodium formate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月16日 / 詳細: Y
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 7139 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 54.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069
反射 シェル解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / % possible all: 55.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 79532
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
MSCデータ削減
MSCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM OF THE LYS36-GLU FIS STRUCTURE

解像度: 2.65→8 Å / σ(F): 1
詳細: MET A 1 - ASP A 9 ARE DISORDERED IN THE PROTEIN STRUCTURE. MET B 1 - ASP B 9 ARE DISORDERED IN THE PROTEIN STRUCTURE. PREVIOUSLY DISORDERED REGION (RESIDUES 1 - 24) IN ALL THE KNOWN CRYSTAL ...詳細: MET A 1 - ASP A 9 ARE DISORDERED IN THE PROTEIN STRUCTURE. MET B 1 - ASP B 9 ARE DISORDERED IN THE PROTEIN STRUCTURE. PREVIOUSLY DISORDERED REGION (RESIDUES 1 - 24) IN ALL THE KNOWN CRYSTAL STRUCTERS OF THE FIS PROTEIN IS NOW PARTLY RESOLVED IN THIS LYS36-GLU FIS MUTANT (RESIDUES 10 - 24) AS BETA HAIRPIN STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 526 8 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 6577 90.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1416 0 0 22 1438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.143
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.72
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.13
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)
11RESTRAINTX-RAY DIFFRACTION1
22X-RAY DIFFRACTION1
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.77 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 35 8 %
Rwork0.312 395 -
obs--50.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.72
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.13
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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