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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f1c | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C549 | |||||||||
要素 | CYTOCHROME C549 | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / dimeric cytochrome | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome c-heme linkage / thylakoid membrane / photosystem II / photosynthesis, light reaction / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arthrospira maxima (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Krogmann, D.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Structures of cytochrome c-549 and cytochrome c6 from the cyanobacterium Arthrospira maxima. 著者: Sawaya, M.R. / Krogmann, D.W. / Serag, A. / Ho, K.K. / Yeates, T.O. / Kerfeld, C.A. #1: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 1991 タイトル: The Low-Potential Cytochrome C of Cyanobacteria and Algae 著者: Krogmann, D.W. #2: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 1984 タイトル: Characterization of Cytochrome c-550 from Cyanobacteria 著者: Alam, J. / Sprinkle, J. / Hermodson, M.A. / Krogmann, D.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f1c.cif.gz | 59.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f1c.ent.gz | 47.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f1c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f1c_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f1c_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1f1c_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f1c_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/1f1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/1f1c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14212.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arthrospira maxima (バクテリア) / 参照: UniProt: P82603 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 詳細: 0.4M ammonium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→500 Å / Num. all: 8556 / Num. obs: 8556 / % possible obs: 73.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 7.24 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / % possible all: 60 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 60 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→500 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 500 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.008 |