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- PDB-1f0o: PVUII ENDONUCLEASE/COGNATE DNA COMPLEX (GLUTARALDEHYDE-CROSSLINKE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f0o
タイトルPVUII ENDONUCLEASE/COGNATE DNA COMPLEX (GLUTARALDEHYDE-CROSSLINKED CRYSTAL) AT PH 7.5 WITH TWO CALCIUM IONS AT EACH ACTIVE SITE
要素
  • (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*C-3')
  • TYPE II RESTRICTION ENZYME PVUII
キーワードhydrolase/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / ENDONUCLEASE TYPE II / RESTRICTION ENZYME / Catalytic Metal visualization / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PVUII Endonuclease, subunit A / Restriction endonuclease, type II, PvuII / Restriction endonuclease, type II, PvuII superfamily / Restriction endonuclease PvuII / PvuII Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme PvuII
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: PvuII endonuclease contains two calcium ions in active sites.
著者: Horton, J.R. / Cheng, X.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Asp34 of PvuII Endonuclease is directly involved in DNA minor groove recognition and indirectly involved in catalysis
著者: Horton, J.R. / Nastri, H.G. / Riggs, P.D. / Cheng, X.
#2: ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: How is modification of the DNA substrate recognized by the PvuII restriction endonuclease?
著者: Horton, J.R. / Bonventre, J. / Cheng, X.
履歴
登録2000年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*C-3')
D: (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*C-3')
A: TYPE II RESTRICTION ENZYME PVUII
B: TYPE II RESTRICTION ENZYME PVUII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8378
ポリマ－44,6774
非ポリマー1604
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.043, 84.702, 45.993
Angle α, β, γ (deg.)90., 90., 90.
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer consisting of protein chain A and chain B and double strained DNA consisting of chains C and D with two CA+2 at each monomeric active site.

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要素

#1: DNA鎖 (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*C-3')


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: SELF-ANNEALING OLIGONUCLEOTIDE CONTAINING COGNATE SIX BASE PAIR SEQUENCE
#2: タンパク質 TYPE II RESTRICTION ENZYME PVUII / E.C.3.1.21.4 / PVUII ENDONUCLEASE / R.PVUII


分子量: 18370.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / プラスミド: PPR594 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23657, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 4000, SODIUM ACETATE, CaCL2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
2CaCl211
3PEG 400011
4PEG 400012
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃
詳細: Balendiran, K., (1994) Proteins Struct.Funct.Genet., 19, 77.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19.6 mg/mlR-PvuII1drop
21.6 mg/mlduplex DNA1drop
318-25 %mother liquor1drop
48 %PEG40001dropmother liquor
50.3 mMEDTA1dropmother liquor
650 mMsodium acetate1drop
731-45 %mother liquor1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 13150 / Num. obs: 13150 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / % possible all: 96.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 61937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1241 10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.205 12739 --
obs0.279 12739 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2449 511 4 190 3154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.37
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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