[日本語] English
万見
- PDB-1f08: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF THE REPLICATION IN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f08
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF THE REPLICATION INITIATION PROTEIN E1 FROM PAPILLOMAVIRUS
要素REPLICATION PROTEIN E1
キーワードREPLICATION / Papillomavirus / DNA-binding domain / initiator protein / helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA 3'-5' helicase / DNA helicase activity / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Replication Protein E1; Chain: A, - #10 / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Replication Protein E1; Chain: A, ...Replication Protein E1; Chain: A, - #10 / DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Replication Protein E1; Chain: A, / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Replication protein E1
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Enemark, E.J. / Chen, G. / Vaughn, D.E. / Stenlund, A. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the DNA binding domain of the replication initiation protein E1 from papillomavirus.
著者: Enemark, E.J. / Chen, G. / Vaughn, D.E. / Stenlund, A. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2000年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: REPLICATION PROTEIN E1
B: REPLICATION PROTEIN E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,87416
ポリマ－33,7562
非ポリマー1,11914
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.170, 84.897, 124.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細In the absence of DNA, the protein is monomeric in solution. In the presence of DNA, the biologically relevant oligomerization state is a dimer. In this entry the two chains are in the the correct DNA-binding dimeric orientation.

-
要素

#1: タンパク質 REPLICATION PROTEIN E1


分子量: 16877.770 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03116
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, NaBr or NaCl, 8 mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
濃度: 8 mg/ml / 一般名: protein

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X26C11.1
シンクロトロンNSLS X8C20.979
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1999年10月26日
MARRESEARCH2CCD1999年5月31日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.9791
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 36016 / Num. obs: 35804 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.28 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.05 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 4.35 / Num. unique all: 3500 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 332339
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.4 % / Num. unique obs: 3500 / Num. measured obs: 21175

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SnB位相決定
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 368558.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1668 5 %Random
Rwork0.241 ---
all-33605 --
obs-33605 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 50.5091 Å2 / ksol: 0.347299 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.56 Å20 Å20 Å2
2---13.397 Å20 Å2
3---10.837 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2349 0 14 100 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 149 5.4 %
Rwork0.301 2621 -
obs--78.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.337 / % reflection Rfree: 5.4 % / Rfactor Rwork: 0.301 / Rfactor obs: 0.303

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る