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- PDB-1ezz: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI ASPARTATE TRANSCARBAMOYLASE P268A MU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ezz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI ASPARTATE TRANSCARBAMOYLASE P268A MUTANT IN THE T-STATE
要素
  • ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN
  • ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
キーワードTRANSFERASE / aspartate transcarbamoylase / aspartate carbamoyltransferase / cis-proline / cis-amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding ...aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase ...Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jin, L. / Stec, B. / Kantrowitz, E.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: A cis-proline to alanine mutant of E. coli aspartate transcarbamoylase: kinetic studies and three-dimensional crystal structures.
著者: Jin, L. / Stec, B. / Kantrowitz, E.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structural Consequences of Effector Binding to the T State of Aspartate Carbamoyltransferase: Crystal Structures of the Unligated and ATP- and CTP-complexed enzymes at 2.6-A resolution
著者: Stevens, R.C. / Gouaux, J.E. / Lipscomb, W.N.
履歴
登録2000年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN
B: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
C: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN
D: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0406
ポリマ－102,9094
非ポリマー1312
水4,450247
1
A: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN
B: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
C: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN
D: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
ヘテロ分子

A: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN
B: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
C: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN
D: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
ヘテロ分子

A: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN
B: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
C: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN
D: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,12118
ポリマ－308,72812
非ポリマー3926
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.870, 129.870, 198.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

HOH

詳細The biological assembly is a dodecamer. The entire molecule requires two symmetry partners generated by rotations around the three-fold

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要素

#1: タンパク質 ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN / ASPARTATE TRANSCARBAMOYLASE CATALYTIC CHAIN


分子量: 34311.070 Da / 分子数: 2 / 変異: P268A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
プラスミド: PEK412, A PLASMID WITH THE PYRBI GENES INSERTED INTO PUC119
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質 ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN / ASPARTATE TRANSCARBAMOYLASE REGULATORY CHAIN


分子量: 17143.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
プラスミド: PEK412, A PLASMID WITH THE PYRBI GENES INSERTED INTO PUC119
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7F3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ENZYME: 24 mg/ml; 1:1 enzyme to-buffer ratio, BUFFER: 20 mm HEPES, 14% (w/v) PEG 1450, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
124 mg/mlenzyme1drop
214 %(w/v)PEG14501reservoir
320 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: UCSD MARK III / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 34450 / Num. obs: 34422 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 4.296
反射 シェル解像度: 2.7→2.91 Å / 冗長度: 2.17 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Num. unique all: 13768 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
精密化解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2900 -random
Rwork0.182 ---
all-32931 --
obs-29421 89.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7228 0 2 247 7477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.86
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.57
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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