+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ezn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF A DNA THREE-WAY JUNCTION | ||||||
要素 | DNA THREE-WAY JUNCTION | ||||||
キーワード | DNA / three-way junction / four-way junction / HMG-box protein / Holliday junction / hammerhead | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | van Buuren, B.N.M. / Overmars, F.J. / Ippel, J.H. / Altona, C. / Wijmenga, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Solution structure of a DNA three-way junction containing two unpaired thymidine bases. Identification of sequence features that decide conformer selection. 著者: van Buuren, B.N. / Overmars, F.J. / Ippel, J.H. / Altona, C. / Wijmenga, S.S. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: NMR studies of DNA three-way junctions containing two unpaired thymidine bases: the influence of the sequence at the junction on the stability of the stacking conformers. 著者: Overmars, F.J. / Pikkemaat, J.A. / van den Elst, H. / van Boom, J.H. / Altona, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ezn.cif.gz | 591.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ezn.ent.gz | 490.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ezn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ezn_validation.pdf.gz | 306.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ezn_full_validation.pdf.gz | 452.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ezn_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ezn_validation.cif.gz | 32.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1ezn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1ezn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 11053.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
---|---|
NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
-試料調製
詳細 | 内容: 1mM DNA 3H; 50mM NaCl; / 溶媒系: D2O/H2O and D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 50mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz |
---|
-解析
NMR software | 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化 |
---|---|
精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint ...コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 26 |