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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ey4 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF S. NUCLEASE STABILIZING MUTANT S59A | ||||||
![]() | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Chen, J. / Lu, Z. / Sakon, J. / Stites, W.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Increasing the thermostability of staphylococcal nuclease: implications for the origin of protein thermostability. 著者: Chen, J. / Lu, Z. / Sakon, J. / Stites, W.E. #1: ![]() タイトル: Contributions of the Polar, Uncharged Amino Acids to the Stability of Staphylococcal Nuclease: Evidence for Mutational Effects on the Free Energy of the Denatured State. 著者: Green, S.M. / Meeker, A.K. / Shortle, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 370.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 374.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16827.330 Da / 分子数: 1 / 変異: S59A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: FOGGI / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, Sodium phosphate buffer , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: MPD, Sodium phosphate buffer , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 93.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.6→8 Å / Num. parameters: 4790 / Num. restraintsaints: 4526 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1162 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 13893 / σ(I): 4 / Rfactor obs: 0.1676 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 38.11 Å2 |