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- PDB-1exw: CRYSTAL STRUCTURE OF PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1 COMPLEXED W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1exw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1 COMPLEXED WITH HEXADECYLSULFONYL FLUORIDE
要素PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / palmitoyl protein thioesterase / PMSF
機能・相同性
機能・相同性情報


protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / sulfatide binding / pinocytosis / membrane raft organization / positive regulation of pinocytosis / lysosomal lumen acidification / lipid catabolic process ...protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / sulfatide binding / pinocytosis / membrane raft organization / positive regulation of pinocytosis / lysosomal lumen acidification / lipid catabolic process / receptor-mediated endocytosis / brain development / negative regulation of cell growth / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / protein transport / synaptic vesicle / nervous system development / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / membrane raft / axon / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Palmitoyl protein thioesterase / Palmitoyl protein thioesterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-HEXADECANOSULFONIC ACID / Palmitoyl-protein thioesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bellizzi III, J.J. / Clardy, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for the insensitivity of a serine enzyme (palmitoyl-protein thioesterase) to phenylmethylsulfonyl fluoride.
著者: Das, A.K. / Bellizzi III, J.J. / Tandel, S. / Biehl, E. / Clardy, J. / Hofmann, S.L.
履歴
登録2000年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52018年1月31日Group: Database references / Experimental preparation / カテゴリ: citation_author / exptl_crystal_grow
Item: _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.details / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6205
ポリマ－31,4471
非ポリマー1,1734
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.060, 69.060, 128.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1


分子量: 31447.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell (発現宿主): SF21 CELLS / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P45478, palmitoyl[protein] hydrolase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-HDS / 1-HEXADECANOSULFONIC ACID / 1-ヘキサデカンスルホン酸


分子量: 306.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 55% PPG 400, 0.1 M Bis Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
3150 mM1dropNaCl
40.01 %Triton X-1001drop
51 mMHDSF1drop
655 %PEG4001reservoir
7100 mMbis-Tris 1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.91
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→36.27 Å / Num. all: 79642 / Num. obs: 79642 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 54.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.58 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Num. unique all: 15447 / % possible all: 99.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
CNS精密化
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.4→19.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 2044459.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: GENERATED PARAMETER/TOPOLOGY FILES FOR HDSF WITH XPLO2D
詳細: Used simulated annealing, energy minimization, individual B-factor refinement. Used isotropic B-factor correction and Bulk Solvent Correction
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 630 5 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 12638 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.33 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.13 Å20 Å20 Å2
2--7.13 Å20 Å2
3----14.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 75 40 2325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.72
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg252
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.412.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 100 4.9 %
Rwork0.325 1961 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4HDS.PARHDS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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