PDB-1eww: SOLUTION STRUCTURE OF SPRUCE BUDWORM ANTIFREEZE PROTEIN AT 30 DEG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1eww

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF SPRUCE BUDWORM ANTIFREEZE PROTEIN AT 30 DEGREES CELSIUS

要素

ANTIFREEZE PROTEIN

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / beta-helix / ice / insect

機能・相同性

Choristoneura fumiferana antifreeze / Insect antifreeze protein superfamily / Choristoneura fumiferana antifreeze protein (CfAFP) / Insect antifreeze protein / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Mainly Beta / Thermal hysteresis protein

機能・相同性情報

生物種

Choristoneura fumiferana (蝶・蛾)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Graether, S.P. / Kuiper, M.J. / Gagne, S.M. / Walker, V.K. / Jia, Z. / Sykes, B.D. / Davies, P.L.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Beta-helix structure and ice-binding properties of a hyperactive antifreeze protein from an insect.
著者: Graether, S.P. / Kuiper, M.J. / Gagne, S.M. / Walker, V.K. / Jia, Z. / Sykes, B.D. / Davies, P.L.

履歴

登録	2000年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1eww.cif.gz	481.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1eww.ent.gz	399.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1eww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/1eww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/1eww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6l0x-1 1iza-1 1th5-d 2o6k-2 1eo0-d 5zcz-d 4rtw-2 2fq0-d 1adr-d 2kfd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: ANTIFREEZE PROTEIN

9.07 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #10	closest to the average

#1: タンパク質	ANTIFREEZE PROTEIN 分子量: 9068.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Choristoneura fumiferana (蝶・蛾) / Tissue fraction: HEMOLYMPH / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GTP0
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C/15N-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	2	HNHA
1	4	1	HN(CA)CB
1	5	1	CBCA(CO)NNH
1	6	1	(H)CCH-TOCSY
1	7	1	2D NOESY
1	8	2	3D 15N-separated TOCSY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細	内容: 1: U-15N/U-13C spruce budworm antifreeze protein, 18 mg/mL, 2: U-15N spruce budworm antifreeze protein, 18 mg/mL 溶媒系: 90% H2O, 10% D20
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian UNITY	Varian	UNITY	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
NMRPipe	1.7	Delaglio	解析
PIPP	4.2	Garrett	データ解析
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1014 NOE-derived distance constraints, 88 dihedral angle restraints, 59 carbon chemical shift restraints

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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