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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1etb | |||||||||
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タイトル | THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE REFINEMENTS OF NORMAL HUMAN TRANSTHYRETIN AND THE AMYLOIDOGENIC VAL 30-->MET VARIANT TO 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
![]() | TRANSTHYRETIN | |||||||||
![]() | TRANSPORT(THYROXINE) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Braden, B.C. / Steinrauf, L.K. / Hamilton, J.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The x-ray crystal structure refinements of normal human transthyretin and the amyloidogenic Val-30-->Met variant to 1.7-A resolution. 著者: Hamilton, J.A. / Steinrauf, L.K. / Braden, B.C. / Liepnieks, J. / Benson, M.D. / Holmgren, G. / Sandgren, O. / Steen, L. #1: ![]() タイトル: X-Ray Crystal Structure of the Ala 109(Right Arrow)Thr Variant of Human Transthyretin which Produces Euthyroid Hyperthyroxinemia 著者: Steinrauf, L.K. / Hamilton, J.A. / Braden, B.C. / Murrell, J.R. / Benson, M.D. #2: ![]() タイトル: Alteration in Molecular Structure which Results in Disease: The met 30 Variant of Human Plasma Transthyretin 著者: Hamilton, J.A. / Steinrauf, L.K. / Liepnieks, J.J. / Benson, M.D. / Holmgren, G. / Sandgren, O. / Steen, L. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET SHEET IDENTIFIERS ARE BASED ON ENTRY 2PAB (PREALBUMIN, BLAKE ET AL.). |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9904, 0.138, -0.0044), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN 2 WHEN APPLIED TO CHAIN 1. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13807.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.7→5 Å / Rfactor obs: 0.163 / σ(F): 2 詳細: OCCUPANCIES OF DISORDERED SIDE CHAINS OR OF ATOMS WITH LESS THAN UNIT OCCUPANCY WERE SELECTED TO FLATTEN THE FINAL DIFFERENCE FOURIER. ATOMS WITH OCCUPANCIES OF .001 HAVE NO OBSERVABLE ...詳細: OCCUPANCIES OF DISORDERED SIDE CHAINS OR OF ATOMS WITH LESS THAN UNIT OCCUPANCY WERE SELECTED TO FLATTEN THE FINAL DIFFERENCE FOURIER. ATOMS WITH OCCUPANCIES OF .001 HAVE NO OBSERVABLE ELECTRON DENSITY. SOME WATER MOLECULES WERE PLACED IN POSITIONS THAT PROBABLY REPRESENT ALTERNATE CONFORMATIONS. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→5 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.026 |