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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1et0 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AMINODEOXYCHORISMATE LYASE FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | 4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE | ||||||
キーワード | LYASE / PSEUDO BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminodeoxychorismate lyase / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / para-aminobenzoic acid biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Nakai, T. / Mizutani, H. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Takeda, S. / Jhee, K.H. / Yoshimura, T. / Esaki, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2000 タイトル: Three-dimensional structure of 4-amino-4-deoxychorismate lyase from Escherichia coli. 著者: Nakai, T. / Mizutani, H. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Takeda, S. / Jhee, K.H. / Yoshimura, T. / Esaki, N. #1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1992 タイトル: Characterization and Sequence of Escherichia coli pabC, the Gene Encoding Aminodeoxychorismate Lyase, a Pyridoxal Phosphate-Containing Enzyme 著者: Green, J.M. / Merkel, W.K. / Nichols, B.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1et0.cif.gz | 60.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1et0.ent.gz | 47.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1et0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1et0_validation.pdf.gz | 388.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1et0_full_validation.pdf.gz | 391.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1et0_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1et0_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/1et0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/1et0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A a symmetry partner generated by the two-fold. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29745.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28305 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 400, 2-propanol, sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 13365 / Num. obs: 12330 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.14 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 30.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Num. unique all: 1110 / % possible all: 85 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 88073 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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