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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1esc | ||||||
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タイトル | THE MOLECULAR MECHANISM OF ENANTIORECOGNITION BY ESTERASES | ||||||
要素 | ESTERASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (SERINE ESTERASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 triglyceride catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / triacylglycerol lipase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces scabiei (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wei, Y. / Schottel, J.L. / Derewenda, U. / Swenson, L. / Patkar, S. / Derewenda, Z.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: A novel variant of the catalytic triad in the Streptomyces scabies esterase. 著者: Wei, Y. / Schottel, J.L. / Derewenda, U. / Swenson, L. / Patkar, S. / Derewenda, Z.S. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Streptomyces Scabies Esterase: Reassessment of the Chymotrypsin Paradigm 著者: Wei, Y. / Schottel, J.L. / Derewenda, U. / Swenson, L. / Patkar, S. / Derewenda, Z.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1esc.cif.gz | 71 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1esc.ent.gz | 56 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1esc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/1esc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/1esc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 23 | |||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33003.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces scabiei (バクテリア) / 参照: UniProt: P22266 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Green, R., (1992) J. Mol. Biol., 227, 569. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.08 Å / Num. obs: 19449 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→7.5 Å / σ(F): 0 詳細: PHASES WERE CALCULATED FROM FIVE DERIVATIVES. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY THE MULTIPLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT METHOD USING FIVE DERIVATIVES.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→7.5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.08 Å / Rfactor obs: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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