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- PDB-1eq2: THE CRYSTAL STRUCTURE OF ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eq2
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
要素ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
キーワードISOMERASE / N-terminal domain Rossmann fold / C-terminal mixed alpha/beta domain / Short-chain dehydrogenase/reductase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase / ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase activity / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / NADP+ binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Deacon, A.M. / Ni, Y.S. / Coleman Jr., W.G. / Ealick, S.E.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of ADP-L-glycero-D-mannoheptose 6-epimerase: catalysis with a twist.
著者: Deacon, A.M. / Ni, Y.S. / Coleman Jr., W.G. / Ealick, S.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of the Lipopolysaccharide Core Biosynthetic Enzyme ADP-L-glycero-D-mannoheptose 6-epimerase from Escherichia coli K-12
著者: Ding, L. / Zhang, Y. / Deacon, A.M. / Ealick, S.E. / Ni, Y. / Sun, P. / Coleman Jr., W.G.
履歴
登録2000年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
B: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
C: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
D: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
E: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
F: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
G: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
H: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
I: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
J: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,75830
ポリマ－349,43010
非ポリマー13,32720
水19,0241056
1
A: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
B: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
C: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
D: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
E: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,37915
ポリマ－174,7155
非ポリマー6,66410
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
G: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
H: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
I: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
J: ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,37915
ポリマ－174,7155
非ポリマー6,66410
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.46, 109.76, 181.54
Angle α, β, γ (deg.)90, 91.04, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a pentamer. There are two pentamers in the asymmetric unit, each with a local non-crystallographic five-fold axis parallel to the crystallographic two-fold screw axis.

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要素

#1: タンパク質
ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE


分子量: 34943.031 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PT7-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P67910, ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / 詳細: Sigma
#3: 化合物
ChemComp-ADQ / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / ADPグルコ-ス


分子量: 589.342 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O15P2 / 詳細: Sigma
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1056 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0M ammonium sulphate, 2% PEG400, 0.1M HEPES buffer, 1mM ADP-glucose, 20nM spermidine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14 mg/mlprotein1drop
22 Mammonium sulfate1reservoir
32 %PEG4001reservoir
40.1 MHEPES1reservoirpH7.5
51 mMADP-glucose1reservoir
61 mM1reservoirNaN3
720 mMspermidine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.919
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 242386 / Num. obs: 242386 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Num. unique all: 239829 / % possible all: 78.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 573756
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SnB位相決定
X-PLOR3.843精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 24373 -10% of reflections chosen at random
Rwork0.212 ---
all0.217 242238 --
obs0.217 242238 93.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23596 0 783 1056 25435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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