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万見
- PDB-1eo1: Solution structure of hypothetical protein MTH1175 from Methanoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eo1
タイトルSolution structure of hypothetical protein MTH1175 from Methanobacterium thermoautotrophicum
要素HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1175
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / mixed a/b protein / mixed beta sheet / strand order 321456 / strands 2 and 6 antiparallel to rest. / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


MTH1175 domain / : / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis domain / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis superfamily / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Cort, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2000
タイトル: NMR Structure Determination and Structure-Based Functional Characterization of Conserved Hypothetical Protein MTH1175 from Methanobacterium Thermoautotrophicum
著者: Cort, J.R. / Yee, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2000年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1175


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1761
ポリマ－13,1761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #10fewest violations

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1175


分子量: 13175.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O27243

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1124D 13C-separated NOESY
1233D 15N-separated NOESY
133HNHA
1413D 13C,15N-simultaneous NOESY
1551H-15N HSQC D2O exchange

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM MTH1175 U-15N,13C; 25 mM phosphate buffer, pH 6.5, 150 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM MTH1175 U-15N; 25 mM phosphate buffer, pH* 6.1, 150 mM NaCl, 99% D2O99% D2O
32 mM MTH1175 U-15N; 25 mM phosphate buffer, pH 6.5, 150 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
42 mM MTH1175 U-15N; 25 mM phosphate buffer, pH* 6.1, 150 mM NaCl, 99% D2O99% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM salt, 25 mM phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Brunger精密化
Felix98MSI解析
VNMRVariancollection
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 436 NOE-derived distance constraints, 40 dihedral angle constraints (phi), 58 hydrogen bonds (2 constraints per H-bond)
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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