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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ent | ||||||
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タイトル | X-RAY ANALYSES OF ASPARTIC PROTEINASES. THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION OF ENDOTHIAPEPSIN | ||||||
![]() | ENDOTHIAPEPSIN | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Blundell, T.L. / Dealwis, C.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray analyses of aspartic proteinases. The three-dimensional structure at 2.1 A resolution of endothiapepsin. 著者: Blundell, T.L. / Jenkins, J.A. / Sewell, B.T. / Pearl, L.H. / Cooper, J.B. / Tickle, I.J. / Veerapandian, B. / Wood, S.P. #1: ![]() タイトル: X-Ray Analyses of Aspartic Proteinases. III Three-Dimensional Structure of Endothiapepsin Complexed with a Transition-State Isostere Inhibitor of Renin at 1.6 Angstroms Resolution 著者: Veerapandian, B. / Cooper, J.B. / Sali, A. / Blundell, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO E 23 / 2: CIS PROLINE - PRO E 133 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-0EM / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE PHOSPHINATE INHIBITOR PD130328 COMPLEXED WITH ENDOTHIAPEPSIN HAS TWO SHORT HYDROGEN BONDS OF 2. ...THE PHOSPHINAT | 配列の詳細 | THE COMPLETE SEQUENCE WAS DETERMINED BY V. PEDERSEN AS TRYPTIC FRAGMENTS WHICH WERE ALIGNED IN THE ...THE COMPLETE SEQUENCE WAS DETERMINED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.8 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.6 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 19356 / Num. measured all: 44358 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
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解析
ソフトウェア | 名称: RESTRAIN / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.17 / 最高解像度: 1.9 Å 詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE ...詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE DERIVED BY THE FOLLOWING RELATION - B = 8 * (PI)**2 * U**2. IT IS AN INDICATION OF POSSIBLE ERRORS IN THE REFINEMENT THAT SOME ARE SLIGHTLY NEGATIVE. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: RESTRAIN / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Rfactor obs: 0.178 / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.178 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18.9 Å2 |