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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1enk | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A PYRIMIDINE DIMER SPECIFIC EXCISION REPAIR ENZYME FROM BACTERIOPHAGE T4: REFINEMENT AT 1.45 ANGSTROMS AND X-RAY ANALYSIS OF THE THREE ACTIVE SITE MUTANTS | ||||||
![]() | ENDONUCLEASE V | ||||||
![]() | ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyribodipyrimidine endonucleosidase / pyrimidine dimer DNA N-glycosylase activity / deoxyribodipyrimidine endonucleosidase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease activity / DNA repair 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Vassylyev, D.G. / Ariyoshi, M. / Matsumoto, O. / Katayanagi, K. / Ohtsuka, E. / Morikawa, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a pyrimidine dimer-specific excision repair enzyme from bacteriophage T4: refinement at 1.45 A and X-ray analysis of the three active site mutants. 著者: Morikawa, K. / Ariyoshi, M. / Vassylyev, D.G. / Matsumoto, O. / Katayanagi, K. / Ohtsuka, E. #2: ![]() タイトル: X-Ray Structure of T4 Endonuclease V: An Excision Repair Enzyme Specific for a Pyrimidine Dimer 著者: Morikawa, K. / Matsumoto, O. / Tsujimoto, M. / Katayanagi, K. / Ariyoshi, M. / Doi, T. / Ikehara, M. / Inaoka, T. / Ohtsuka, E. #3: ![]() タイトル: Role of the Basic Amino Acid Cluster and Glu-23 in Pyrimidine Dimeer Glycosylase Activity of T4 Endonuclease V 著者: Doi, T. / Recktenwald, A. / Karaki, Y. / Kikuchi, M. / Morikawa, K. / Ikehara, M. / Inaoka, T. / Hori, N. / Ohtsuka, E. #4: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Study of Pyrimidine Dimer-Specific Excision-Repair Enzyme from Bacteriophage T4 著者: Morikawa, K. / Tsujimoto, M. / Ikehara, M. / Inaoka, T. / Ohtsuka, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 363.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 372.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16090.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 参照: UniProt: P04418, EC: 3.1.25.1 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Morikawa, K., (1988) J. Mol. Biol., 202, 683. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.084 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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