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万見
- PDB-1ene: 1A CRYSTAL STRUCTURES OF B-DNA REVEAL SEQUENCE-SPECIFIC BINDING A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ene
タイトル1A CRYSTAL STRUCTURES OF B-DNA REVEAL SEQUENCE-SPECIFIC BINDING AND GROOVE-SPECIFIC BENDING OF DNA BY MAGNESIUM AND CALCIUM.
要素DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA / divalent cations / DNA sequence-specific binding / shelxdna / B-DNA
機能・相同性ETHANOL / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.985 Å
データ登録者Chiu, T.K. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: 1 A crystal structures of B-DNA reveal sequence-specific binding and groove-specific bending of DNA by magnesium and calcium.
著者: Chiu, T.K. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Absence of minor groove monovalent cations in the crosslinked dodecamer CGCGAATTCGCG
著者: Chiu, T.K. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Dickerson, R.E.
履歴
登録2000年3月21日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02000年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3859
ポリマ－3,0461
非ポリマー3398
水1,60389
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,76918
ポリマ－6,0922
非ポリマー67716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)31.750, 25.725, 34.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.88, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-218-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: initial concentrations in droplet: 0.17 mM dna, 61.20 mM calcium acetate, 10-15% MPD, 30% final MPD concentration in reservoir. Solutions were unbuffered, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 275.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1calcium acetate11
2streptonigrin11
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 詳細: sitting drop vapor diffusion in nine-well plates
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.17 mMduplex DNA1drop
261.20 mMdivalent cation1drop
330 %MPD1reservoir
41

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.985→8 Å / Num. all: 13423 / Num. obs: 13423 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.65 % / Biso Wilson estimate: 4.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 0.985→1.016 Å / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique all: 1279 / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 62360
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BDJ019

解像度: 0.985→8 Å / Num. parameters: 16552 / Num. restraintsaints: 4814 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Parkinson et al.
詳細: REFINEMENT STARTED IN X-PLOR 3.843 WITH IDEAL B-DNA FITTED ONTO BDJ019. AFTER ALL DATA HAS BEEN ADDED AND REFINED BY SIMULATED ANNEALING IN X-PLOR 3.843, REFINEMENT CONTINUED BY CONJUGATE ...詳細: REFINEMENT STARTED IN X-PLOR 3.843 WITH IDEAL B-DNA FITTED ONTO BDJ019. AFTER ALL DATA HAS BEEN ADDED AND REFINED BY SIMULATED ANNEALING IN X-PLOR 3.843, REFINEMENT CONTINUED BY CONJUGATE GRADIENT LEAST-SQUARES IN SHELXL-97. THE TOP 50 MOST DISAGREEABLE REFLECTIONS WERE REJECTED TOWARDS THE LATTER STAGES OF REFINEMENT BUT THESE ARE STILL INCLUDED IN THE RELEASED DATA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1477 665 5 %random
Rwork0.1214 ---
obs0.1214 13423 95.5 %-
all-13423 --
溶媒の処理溶媒モデル: SHELX swat option
Refine analyzeNum. disordered residues: 13 / Occupancy sum hydrogen: 113 / Occupancy sum non hydrogen: 276.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.985→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 351 50 76 477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.286
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.035
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.73
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 0.985 Å / 最低解像度: 1.016 Å / Rfactor Rfree: 0.1629 / Rfactor Rwork: 0.139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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