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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1emz | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF FRAGMENT (350-370) OF THE TRANSMEMBRANE DOMAIN OF HEPATITIS C ENVELOPE GLYCOPROTEIN E1 | ||||||
要素 | ENVELOPE GLYCOPROTEIN E1 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / transmembrane domain / envelope protein E1 / hepatitis C virus | ||||||
機能・相同性 | Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / endoplasmic reticulum membrane / virion membrane / Envelope glycoprotein E1 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamic, energy minimization | ||||||
データ登録者 | Op De Beeck, A. / Montserret, R. / Duvet, S. / Cocquerel, L. / Cacan, R. / Barberot, B. / Le Maire, M. / Penin, F. / Dubuisson, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: The transmembrane domains of hepatitis C virus envelope glycoproteins E1 and E2 play a major role in heterodimerization. 著者: Op De Beeck, A. / Montserret, R. / Duvet, S. / Cocquerel, L. / Cacan, R. / Barberot, B. / Le Maire, M. / Penin, F. / Dubuisson, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1emz.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1emz.ent.gz | 7.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1emz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1emz_validation.pdf.gz | 247.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1emz_full_validation.pdf.gz | 247.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1emz_validation.xml.gz | 1.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1emz_validation.cif.gz | 1.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2237.581 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANSMEMBRANE DOMAIN (RESIDUES 350-370) / 由来タイプ: 合成 詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of this peptide is naturally found in hepatitis C virus. 参照: UniProt: Q9Q3N3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: sodium 2,2 dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate (DSS) in the internal nmr reference |
-試料調製
詳細 | 内容: 4 mM E1(350-370), 50% H2O, 50% D2 trifluoroethanol (v/v) 溶媒系: 50% H2O, 50% D2 trifluoroethanol (v/v) |
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試料状態 | pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamic, energy minimization ソフトェア番号: 1 詳細: the structure is based on 337 Noe derived distance constraints | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |